Groupe de travail sur l’analyse familiale
About the Groupe de travail sur l’analyse familiale
Le groupe de travail sur l’analyse familiale est codirigé par Joanne Trinh et Niccolò Mencacci. Il s’appuie sur des pedigrees issus de familles atteintes de la maladie de Parkinson sur plusieurs générations afin d’identifier des variants rares qui co-ségrèguent avec la maladie, en complément des études fondées sur des cohortes populationnelles.
Pourquoi recourir à l’analyse familiale ?
Les études familiales excellent dans la détection de causes monogéniques qui échappent aux modèles cas-témoins portant sur des cas sporadiques, car les apparentés atteints partagent un arrière-plan génétique commun qui amplifie le signal des variants rares. Les méthodes comprennent l’analyse de liaison, le séquençage du génome entier de trios ou de pedigrees, les tests de ségrégation ainsi que l’analyse du fardeau des variants ultra-rares. Ces approches permettent d’identifier des gènes, notamment dans des cohortes de maladie de Parkinson à début précoce ou familiales, avec des taux de détection pouvant atteindre 15 % chez les familles à forte concentration de cas.
Étapes
Terminé
- Analyse de ségrégation effectuée pour 57 familles analysées pour des variants codants.
- Séquençage du génome entier en lectures longues (WGS) réalisé pour 100 cas index.
En cours
- Mise en œuvre de flux d’analyse WGS familiaux, avec priorisation des cas de maladie de Parkinson à début précoce et des formes familiales non résolues.
- Analyses d’association de variants rares et tests de ségrégation (variants codants et non codants) à travers les pedigrees afin d’identifier des causes monogéniques à forte pénétrance.
- Validation en laboratoire interne et analyses complémentaires de ségrégation pour les variants candidats d’intérêt.
- Élargissement du recrutement de familles présentant des antécédents de maladie de Parkinson grâce au système de parrainage (« buddy system ») au sein du GP2.
- Séquençage du génome entier en lectures longues pour l’étude des répétitions complexes dans les familles présentant des antécédents positifs.
- Analyses d’association familiales pour les variants rares.
- Analyses cas-témoins des variants candidats identifiés lors des travaux de ségrégation.