开放科学敞开大门
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开放科学敞开大门

由 Bradford Casey | |
Author(s)
  • Bradford Casey, PhD

    迈克尔·J·福克斯基金会 | 美国

    Bradford领导基金会的基因组学、计算生物学和数据科学研究组合,与基金会的其他科学家合作,发展基金会的研究战略。他与研究人员、临床负责人以及行业伙伴合作,开发新资源,应用新技术,并确保MJFF的研究重点符合并最好地满足患者的根本需求。Bradford在德克萨斯大学西南医学中心... Read More

  • 开放科学体现出所有利益相关方的价值
  • 开放科学可以使资源的投资回报最大化
  • 开放科学推动重大发现

科学研究的根本任务是探索认识未知。历史上,大部分研究是由一个科学家独立完成或由科研小组负责,对一个具体的问题进行仔细研究。这种情况极为常见,以至于漫画家笔下的科研场景也是一个人独自专注地盯着显微镜的样子。这个模型展示了很多人对科学的认识:提出问题、对其进行周密研究,然后 分享自己的发现。这个显微镜所譬喻的情况——一双眼睛紧紧盯着一小片上而忽视其他所有的刺激——正是问题的一部分。

尽管科学发现依然有赖于仔细的研究,一个实验室一次只专注于一个领域会带来资源瓶颈。由数据访问和工具获取受限造成的发现进度延缓的情况,还有昂贵又低效的重复研究现象可谓是屡见不鲜。这对研究人员和患者来说,代价尤为高昂。生成及发表研究数据和结论可能需要耗费数年时间,结果却因另一个略微不同的项目而黯然失色。 

这种研究模式的后果是显而易见的。一项数据的生成常常是竞争关系而非合作关系,这就给发现带来了拦路虎。数据集生成和整合相应的挑战之难度甚至常常堪比科学研究本身,而在此过程中,个体研究者的贡献可能会被轻视。这种封闭的过程必定会导致数据集的碎片化和孤立化。这既增加了数据生成的成本,也让数据分析和比较更加困难。更有甚者,由于孤立的数据集无法进行有效比较,我们可能会错失重大发现。

上述模式的替代方案通常称做“开放科学”。 它的一种路径是建立研究数据的共享平台并探索出许多科学家同时在此平台上工作的方式。研究联盟如ENCODE项目(DNA元件百科全书项目)、GTEx数据库(基因型-组织表达数据库)等日益展现了合作性数据生成的价值,并在促成高影响力研究方面获取了持续的成功。研究兴趣和专长各异的研究人员根据自身需要独立或合作使用数据。从资源-生产的的角度来看,这种模式在资源(资金、时间、努力)相同的情况下可以创造出更大且更有价值的数据集。

分享研究计划、早期成果和面临的挑战也让每个个体在一个项目当中可以贡献更大价值,使研究人员可以追究和解决研究中出现的关键问题。这对职业发展早期的研究员和见习生格外重要。在开放科学的模式下,他们可以获取曝光度,并得到许多机会。本模式也会促进公平合作,因为在此模式下,每个个体在为当前工作出力的同时都知道此过程中自己的努力是会被承认的。重视分享进行中的工作也鼓励了开发共享工具和资源以支持工作方面的最佳实践,并使更多研究者能够浏览和利用现有数据。最终,正如GP2承诺保障其中各不同群组权益公平共享那样,对开放科学的承诺也为研究所需的资源和机会,还有共同参与到这项开创性的实践当中的研究人员们提供了保障。

[1] ENCODE项目(DNA元件百科全书项目)联盟。人类基因组中DNA元件的综合百科全书。nature2012;489(7414):57-74. doi:10.1038/nature11247

[2] http://www.gtexportal.org