GP2第6回データリリースの内容

1月 10, 2024

Hampton Leonard、Mike A. Nalls、Dan Vitale、Mathew Koretsky、Kristin Levine、Mary B Makarious、Lietsel Jones、Zih-Hua Fang、J C. Solle より

Complex Disease Genetics Research Collaboration Research Operations التعاون البحثي الدفعة السادسة علم جينات الأمراض المعقدة عمليات البحث

概要

2023年12月、GP2はAMP®PDと共同でTerraとVerily®Workbenchプラットフォームに関する6回目のデータリリースを発表しました。このリリースには、2万人以上の新たな複合疾患の参加者が追加され、複合・モノジェニックネットワークからのこれまでリリースに追加されました。

複合疾患データ（遺伝子型）は現在、計44831人の遺伝子型同定参加者(PD24709人、対照群17246人、その他2876人)で構成されています。
- 局所的に制限されたサンプルを削除すると、33,436（17,129のPD事例、13,872の対照群、2,435の「その他」表現型）で構成されます。

モノジェニック疾患データ（全ゲノム配列）は現在、計2,324人のシーケンス参加者（PD症例1,854人、対照群314人、「その他」の表現型156人）で構成されています。
- 局所的に制限されたサンプルを削除すると、2,083（PD事例1,650、コントロール309 、「その他」表現型124）で構成されます

詳しい臨床表現型情報を持つ12,585人は、遺伝情報が一致します

このリリースの新内容

追加の複合疾患（遺伝子型）およびモノジェニック疾患（全ゲノム）サンプル
Verily Viewpoint Workbenchによる局所的に制限されたGDPRサンプルの紹介
約12,000人の臨床データを紹介
新しい祖先グループの導入→複合混合履歴（CAH）
公開されたジェノタイピングデータの品質管理措置の更新
公開されたジェノタイピングデータの品質管理措置の更新

品質管理におけるアップデート
まとめると、GenoTools（v1.0.0）では、性別不一致、コールレートプルーニング、重複チェック、関連個体のチェックと報告、ヘテロ接合率チェックといった品質管理手順が実行されます。

以前のリリースとは対照的に、マイナー対立遺伝子頻度（MAF）、 Hardy-Weinberg（HWE）、マイナー対立遺伝子数（MAC）によるバリアントレベルのフィルタリングは行われなくなりました。以前のリリースでの方法をフィルタリングしたい場合は、対応するREADMEで詳細な情報と推奨されるしきい値を調べることをお勧めします。

Complex Admixture History (CAH)
CAH または複合混合履歴は、リリース６でGP2に導入された新しい祖先グループです。リリース５で南アフリカなど高度に混血した個人が誤ってCAS（中央アジア）の祖先として予測されたことを受けて作成されました。リリース６では、CAH祖先グループは主にステレンボッシュ大学（南アフリカ・ケープタウン）、コリエル研究所（アメリカ・ニュージャージー州カムデン）、パーキンソン財団（アメリカ・フロリダ州マイアミ）からのサンプルを含んでいます。CAHとラベル付けされたサンプルは、他のGP2祖先グループとの分析に含めるには混合度が高すぎると考えています。Verily Viewpoint Workbenchを介した局所的制限のあるGDPRサンプル。

Verily Viewpoint Workbenchとの連携により、一部のユーザーが局所的に制限されたサンプル（GDPR（一般データ保護規則）ポリシーが適用されるサンプルとも呼ばれる）にアクセスできるようになることを発表しました。Workbenchは、生物医学データを管理および分析するための安全な環境であり、クラウド統合による研究コラボレーションとデータ再現性の強化を目的としています。PythonやRコードを含むワークスペースの共有をサポートし、データ管理と分析のためのクラウドネイティブサービス一式を提供します。Workbenchは安全なデータ利用の統合とカスタム認証をサポートしており、GP2がローカルで制限されたサンプルをホストするのに理想的で安全でスケーラブルな研究環境となっています。

現時点では、GP2がGDPRで保護されたデータのデータ共有ソリューションの展開を継続しているため、リリース６はGP2コンソーシアムのメンバーとパートナーのみが利用できます。2024年初頭も試用と実装が継続され、これらのソリューションはより広い研究コミュニティで利用できるようになります。リリース６のサンプルはすべてWorkbenchで、GDPRの要件に準拠していないリリース６のサンプルはすべてTerraのコミュニティワークベンチにあります（以前のすべてのリリースと同様）。Verily Viewpoint Workbenchのフルリリースにアクセスするには、次の操作を行ってください：

GP2 Tier２アクセス承認を取得
GP2コンソーシアムメンバーになる（コホート、GP2パートナー、プロジェクト分析チームメンバーに貢献していること）
GDPR準拠のサンプルリクエストフォームに記入してください。フォームに入力すると、ワークベンチにアクセスするためのフォローアップ手順が表示されます。

臨床データ
このリリースで12,585人の包括的な詳しい臨床表現型データを発表できることを大変嬉しく思います。この情報は、次の内容で構成されています：

診断時および発症時の年齢
最初、現在、および最新の診断
Mini-Mental State Examination（MMSE）やMontreal Cognitive Assessment（MoCA）などの認知試験
運動障害社会協賛による統一パーキンソン病評価尺度（MDS-UPDRS）の改訂について
レビー小体型認知症（LBD）などの詳細な「その他」表現型

今回のリリースでは、臨床情報を有する12,585人について、一致する遺伝情報も取得しています。

個人レベルのデータ
計74のコホートからデータをキャプチャするようになり、46は今回のリリースで新しくなりました。共有されたコホートの詳細については、GP2コホートダッシュボードを参照してください。

複雑疾患GP2参加者の遺伝的に決定された祖先は、11の祖先グループに分割されます。以下の表は、本リリースにおける複雑疾患の参加者のうち、品質管理を通過し、帰責された遺伝的に決定された祖先の詳細を示しています。これらのデータには、新しいクラスターファイルを使用して再クラスター化され、現在のリリースに固有の新しくジェノタイピングおよび共有されたサンプルとともに品質管理を行った、以前のリリースサンプルが含まれています。

DeepVariant-GLnexusを使用した全ゲノム配列のバリアント呼び出し
　今回のリリースでは、これまでのリリースとは異なり、コホートレベルのバリアント呼び出しにGoogleのDeepVariantパイプラインとGLnexusを併用するようになりました。DeepVariantは、ディープラーニングベースのバリアント・コーラーで、個人レベルの遺伝子バリアントを正確にコールすることで、既存の最先端のツールを上回る性能を発揮します。また、プロセスが簡素化され、精度と信頼性が向上します。

今後のデータリリースにより、参加者の多様性が増します。ダッシュボードで進捗状況を確認していただけます。すでにTier 2にアクセスしているユーザーの場合は、コホートブラウザでさらにデータを確認できます。詳細については、以前のブログ記事を参照してください。

これまで通りパイプライン、データ、および分析の詳細については、各GP2リリースに付属のREADMEを参照してください。