Les hackathons portent bien leur nom : en un temps record, les participants développent des solutions innovantes en équipe pour relever des défis bien précis. Ce type d’événement se généralise dans la communauté scientifique car il ouvre la voie à la création de réseaux et facilite l’acquisition de compétences dans les différentes techniques d’analyse. Les hackathons ont démontré leur efficacité pour la communauté du Programme mondial sur la génétique de la maladie de Parkinson (GP2), en rassemblant des membres du GP2 du monde entier et en mettant à profit les compétences de chacun pour collaborer sur des problématiques liées à la maladie de Parkinson (MP). Par exemple, le hackathon virtuel de l’IPDGC/GP2 de 2021 a permis aux participants de développer des outils d’analyse des données et des ressources adaptées à la la recherche sur la maladie de Parkinson.
À la conclusion de la réunion annuelle des chercheurs du GP2 qui s’est tenue en août 2023 à Copenhague, 32 stagiaires et organisateurs du GP2 sont partis pour Malmö en train, en Suède, où ils ont consacré deux jours à différents projets axés sur la génétique de la maladie de Parkinson. Seize autres participants ont rejoint la conférence virtuellement depuis les quatre coins du monde. Au total, 48 participants originaires de 23 pays différents ont participé à l’événement.
Les participants ont été répartis en huit équipes en fonction de leurs intérêts, degré d’expertise et fuseau horaire: cinq équipes ont participé en présentiel et trois par visioconférence. Chaque projet a été conçu pour produire des résultats d’analyse à partir des données du GP2 disponibles à ce jour. La plateformeTerra a été retenue pour la conduite des projets de manière à ce que les participants apprennent à utiliser et à réaliser des analyses sur cette plateforme qui héberge aussi les données du GP2 et du Partenariat pour l’accélération des traitements contre la maladie de Parkinson (AMP PD). Les huit projets approuvés au préalable par le groupe de travail Propositions des projets du GP2 sont les suivants :
- Évaluation portant sur un seul gène (ABCB1)
- Évaluation portant sur un seul gène (COMT)
- Dépistage des variants du GBA1 en fonction de l’ascendance et à l’aide de données de séquençage de l’ensemble du génome
- Porteurs de variants pathogènes de la MP
- Évaluation portant sur un seul gène (DNAJC13)
- Analyse de l’haplotype (MAPT)
- Analyse scRNA-seq
- Essais sur l’homozygosité
Au cours de ces deux journées, les membres des équipes ont fait connaissance et ont collaboré pour produire les données et le code dont ils avaient besoin pour chaque projet. En fin de journée, toutes les équipes dressaient un rapide bilan des progrès accomplis et des difficultés éventuellement rencontrées. Bien que deux jours ne suffisent pas à terminer un projet d’analyse complet, toutes les équipes ont réalisé des progrès significatifs en peu de temps. L’édition de 2023 du hackathon est terminée mais les équipes poursuivront leurs projets dans le but de publier leurs conclusions sous forme de rapports de synthèse, de lettres à la rédaction ou tout autre format adapté.
À l’avenir, nous prévoyons d’organiser d’autres hackathons en présentiel et par visio-conférence. Ne manquez pas de vous renseigner sur les événements de ce type et sur les modalités d’inscription !
