Puntos destacados del hackatón del GP2 2023
Author(s)
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Hampton Leonard
Data Tecnica International / Institutos Nacionales de la Salud | EE. UU.
Hampton se especializa en ciencia de datos y aprendizaje automático, dos disciplinas que aplica a conjuntos de macrodatos multiómicos en el ámbito de las enfermedades neurodegenerativas. Le apasiona investigar las diferencias a nivel clínico y ómico, y cómo estas diferencias pueden afectar a los resultados de ensayos clínicos. También disfruta capacitando y ofreciendo r... Read More
Un hackatón es un evento de ritmo acelerado donde los asistentes trabajan en equipo para desarrollar soluciones innovadoras para desafíos o problemas específicos. Estos eventos están ganando popularidad en la comunidad científica, ya que ofrecen oportunidades de conectar con los demás y de adquirir nuevas habilidades en distintas técnicas de análisis. Para la comunidad del Global Parkinson’s Genetics Program (GP2), los hackatones han demostrado ser muy eficaces: son espacios donde miembros del GP2 de todo el mundo colaboran para resolver desafíos relacionados con la enfermedad de Parkinson (EP) y aprenden de los conocimientos tan diversos de la iniciativa. Un ejemplo fue el Hackatón Virtual IPDGC/GP2 de 2021, durante el cual los equipos desarrollaron herramientas de análisis de datos y recursos específicos para la investigación de la EP.
A finales de agosto de 2023, se celebró la Reunión Anual de Investigadores del GP2 en Copenhague; 32 becarios y organizadores del GP2 tomaron un tren a Malmö (Suecia), donde pasaron dos días trabajando en proyectos enfocados en la genética de la enfermedad de Parkinson. Otros 16 asistentes de todo el mundo se sumaron al evento virtualmente. En total, contamos con 48 participantes procedentes de 23 países.
Los asistentes se dividieron en ocho equipos, tomando en cuenta sus intereses, nivel de conocimientos y huso horario: cinco equipos presenciales y tres equipos virtuales. Cada proyecto estaba diseñado para producir resultados de análisis con los datos actualmente disponibles del GP2. Todos los proyectos se realizaron en Terra, por lo que los asistentes tuvieron la oportunidad de interactuar y hacer análisis directamente en la plataforma donde se alojan los datos del GP2 y de Accelerating Medicines Partnership in Parkinson’s Disease (AMP PD). El Grupo de Trabajo de Propuestas de Proyectos del GP2 aprobó los siguientes ocho proyectos de antemano:
- Evaluación de un solo gen (ABCB1)
- Evaluación de un solo gen (COMT)
- Detección de variantes de GBA1 en distintas ascendencias con datos WGS
- Portadores de variantes patogénicas de EP
- Evaluación de un solo gen (DNAJC13)
- Análisis de haplotipos (MAPT)
- Análisis scRNA-seq
- Ejecuciones de homocigosis
A lo largo de los dos días, los equipos se pudieron conocer entre ellos y colaboraron para preparar los datos y el código necesarios para cada proyecto. Al final de cada uno de los días, los equipos dieron una breve presentación sobre su progreso y sobre posibles desafíos enfrentados. Si bien dos días no son suficientes para terminar un proyecto de análisis completo, todos los equipos avanzaron mucho en un periodo de tiempo muy breve. El Hackatón del GP2 de 2023 llegó a su fin, pero los equipos seguirán trabajando en sus proyectos, con el objetivo de publicar los resultados en formato de informes breves, cartas al director o cualquier otro formato adecuado para sus hallazgos.
De cara al futuro, nos gustaría organizar más hackatones presenciales y virtuales. ¡Así que presten atención a futuros anuncios y anímense a participar!
