Höhepunkte vom GP2-Hackathon 2023
Author(s)
-
Hampton Leonard, MS
Data Tecnica International/National Institutes of Health | USA
Hampton verfügt über einen Hintergrund in Datenwissenschaft und maschinellem Lernen, den sie auf große Multi-Omik-Datensätze im Bereich neurodegenerativer Erkrankungen anwendet. Ihre Leidenschaft gilt der Erforschung von Unterschieden im klinischen Bereich und im Bereich der -Omics sowie der Frage, wie sich diese Unterschiede auf die Ergebnisse klinischer Studien auswirken ... Read More
Hackathons sind temporeiche Events, bei denen die Teilnehmenden in Teams zusammenarbeiten, um innovative Lösungen für bestimmte Herausforderungen oder Probleme zu entwickeln. Diese Veranstaltungen erfreuen sich in der wissenschaftlichen Gemeinde zunehmender Beliebtheit, da sie Networking-Gelegenheiten bieten und den Erwerb von Kenntnissen über verschiedene Analysetechniken erleichtern. Hackathons haben sich auch für die Gemeinschaft des Global Parkinson’s Genetics Program (GP2) als äußerst effektiv erwiesen. Sie bringen GP2-Mitglieder aus der ganzen Welt zusammen, die so gemeinsam an Herausforderungen im Zusammenhang mit der Parkinson-Krankheit arbeiten und das vielfältige Fachwissen innerhalb der Initiative nutzen. Ein Beispiel dafür war der IPDGC/GP2 Virtual Hackathon 2021, bei dem die verschiedenen Teams Datenanalysetools und -ressourcen speziell für die Parkinson-Forschung entwickelten.
Zum Abschluss des GP2-Jahrestreffens in Kopenhagen im August 2023 fuhren 32 GP2-Trainees und -Organisator*innen mit dem Zug nach Malmö in Schweden, wo sie sich in den folgenden beiden Tagen mit verschiedenen Projekten zur Genetik der Parkinson-Krankheit befassten. Weitere 16 Teilnehmende waren virtuell aus aller Welt zugeschaltet. Insgesamt waren 48 Personen aus 23 verschiedenen Ländern dabei.
Die Teilnehmenden wurden je nach Interesse, Fachwissen und Zeitzonein acht Teams aufgeteilt: fünf Teams, die persönlich anwesend waren, und drei Teams, die virtuell zugeschaltet waren. Jedes Projekt war so konzipiert, dass es mit den derzeit verfügbaren GP2-Daten zu Analyseergebnissen führte. Jedes Projekt wurde auf Terra durchgeführt, was die Lernmöglichkeiten für die Interaktion mit und direkte Analysen auf der Plattform bot, auf der sowohl die GP2-Daten als auch die Daten der Accelerating Medicines Partnership in Parkinson’s Disease (AMP PD) gespeichert sind. Die acht Projekte wurden zuvor von der GP2-Arbeitsgruppe für Projektvorschläge genehmigt und lauteten wie folgt:
- Bewertung einzelner Gene (ABCB1)
- Bewertung einzelner Gene (COMT)
- Screening von GBA1-Varianten in verschiedenen Abstammungsgruppen mit WGS-Daten
- Träger*innen von pathogenen Parkinson-Varianten
- Bewertung einzelner Gene (DNAJC13)
- Haplotyp-Analyse (MAPT)
- scRNA-seq-Analyse
- Homozygotie-Läufe (Runs of Homozygosity, ROH)
Während dieser zweitägige Veranstaltung lernten die Teams sich kennen und arbeiteten zusammen, um die Daten und den Code vorzubereiten, die für jedes Projekt benötigt wurden. Am Ende jedes Tages berichteten alle Teams kurz über die Fortschritte und mögliche Herausforderungen, auf die sie gestoßen waren. Obwohl zwei Tage nicht ausreichen, um ein ganzes Analyseprojekt abzuschließen, hat jedes Team in der kurzen Zeit signifikante Fortschritte gemacht. Der GP2-Hackathon 2023 ist inzwischen abgeschlossen, aber die Teams werden auch in Zukunft an ihren Projekten weiterarbeiten und die Ergebnisse in Form von Kurzberichten, Leserbriefen oder anderen für ihre Erkenntnisse geeigneten Formaten veröffentlichen.
Für die Zukunft sind weitere Hackathons geplant, als Präsenz- und als virtuelle Veranstaltungen. Halten Sie Ausschau nach weiteren Events dieser Art. Vielleicht können auch Sie dabei sein!
