GP2生物信息学培训研讨会

本课程首先简要介绍 Terra 以及 GP2 和 AMP PD 的数据和资源,包括当前的管理成本。然后继续学习如何上传、访问和复制数据以及如何与临床数据交互。最后,本课程以非欧洲人群的多基因风险评分示例、单基因分析以及工作流程和 WDL 介绍作为结束。

模块

第一个模块提供了对 Terra 的简单介绍,以帮助您轻松地在空间中导航。该模块还可以让您快速了解 GP2 和 AMP PD 数据和资源。

在第二个模块中,您将学习如何创建计费项目,以及如何在 Google Cloud 平台上查看和管理这些计费项目。然后,您将更详细地了解 GP2、当前版本中提供的功能及其质量控制方式。

在第三个模块中,您将学习如何将数据上传到工作区存储桶并将其拉到虚拟机。该模块还将介绍如何访问和复制 AMP PD 数据、其位置、如何将其移动到虚拟机以及如何访问和复制 GP2 数据。

第四个模块将介绍临床数据以及如何制作协变量文件。您将了解如何提取 AMP PD 和 GP2 提供的具体信息。

获得对多基因风险评分(PRS)的实用见解,并了解其效用和挑战。该模块将允许您在非欧洲人群中实施 PRS 分析,并通过小提琴图、分位数和密度图将结果可视化。浏览这个实际演示并学习代码以执行您自己的分析。

对单基因分析感兴趣吗?该模块将介绍如何提取基因、注释基因、运行负担分析、从数据中提取纯合子和复合杂合子并保存结果。浏览这个实际演示并学习代码以执行您自己的分析。

在本系列研讨会的最后一个模块中,您将了解什么是工作流、何时使用它们,以及所使用的语言的基本结构 – 工作流描述语言(WDL)。