Commencez ce cours par un bref aperçu de Terra ainsi que des données et des ressources de GP2 et d’AMP PD, y compris les coûts de gestion actuels. Passez ensuite à l’apprentissage du téléchargement, de l’accès et de la copie des données et de la manière d’interagir avec les données cliniques. Enfin, ce cours se termine par des exemples de score de risque polygénique dans des populations non européennes, une analyse d’un seul gène et une introduction aux flux de travail et au WDL.
Modules
Ce premier module propose une introduction douce à ce qu’est Terra pour vous aider à vous sentir à l’aise dans la navigation dans les espaces. Ce module vous permettra également d’avoir un aperçu rapide des données et ressources GP2 et AMP PD.
Dans ce deuxième module, vous apprendrez à créer un projet de facturation et à afficher et gérer ces projets de facturation sur la plateforme Google Cloud. Vous entrerez ensuite plus en détail sur GP2, ce qui est disponible dans la version actuelle et comment elle a été contrôlée.
Dans ce troisième module, vous apprendrez à télécharger des données dans votre bucket d’espace de travail et à les transférer vers votre machine virtuelle. Ce module expliquera également comment accéder et copier les données AMP PD, leurs emplacements, comment les déplacer vers votre machine virtuelle, ainsi que comment accéder et copier les données GP2.
Ce quatrième module passera en revue les données cliniques et comment créer un fichier de covariables. Vous apprendrez à extraire les informations spécifiques dont disposent AMP PD et GP2.
Obtenez des informations pratiques sur les scores de risque polygénique (PRS) et comprenez leur utilité et leurs défis. Ce module vous permettra de mettre en œuvre l’analyse PRS dans des populations non européennes et de visualiser vos résultats via des graphiques de violon, de quantile et de densité. Parcourez cette démonstration pratique et apprenez le code pour effectuer votre propre analyse.
Intéressé par l’analyse d’un seul gène ? Ce module expliquera comment extraire un gène, l’annoter, exécuter des analyses de charge, extraire les homozygotes et les hétérozygotes composés des données et enregistrer les résultats. Parcourez cette démonstration pratique et apprenez le code pour effectuer votre propre analyse.
Dans le dernier module de cette série de séminaires, vous apprendrez ce que sont les workflows, quand les utiliser, puis la structure de base du langage utilisé : le langage de description de workflow (WDL).
