Beginnen Sie diesen Kurs mit einem kurzen Überblick über die Daten und Ressourcen von Terra sowie GP2 und AMP PD, einschließlich der aktuellen Verwaltungskosten. Fahren Sie dann fort und erfahren Sie, wie Sie Daten hochladen, darauf zugreifen und sie kopieren und wie Sie mit klinischen Daten interagieren. Abschließend enthält der Kurs Beispiele für polygene Risikoscores in nicht-europäischen Populationen, eine Einzelgenanalyse und eine Einführung in Arbeitsabläufe und WDL.
Module
Dieses erste Modul bietet eine sanfte Einführung in Terra, um Ihnen die Navigation in den Bereichen zu erleichtern. Dieses Modul ermöglicht Ihnen auch einen schnellen Überblick über die PD-Daten und -Ressourcen von GP2 und AMP.
In diesem zweiten Modul erfahren Sie, wie Sie ein Abrechnungsprojekt erstellen und wie Sie diese Abrechnungsprojekte auf der Google Cloud-Plattform anzeigen und verwalten. Anschließend gehen Sie näher auf GP2 ein, erfahren, was in der aktuellen Version verfügbar ist und wie die Qualitätskontrolle durchgeführt wurde.
In diesem dritten Modul erfahren Sie, wie Sie Daten in Ihren Workspace-Bucket hochladen und auf Ihre virtuelle Maschine übertragen. In diesem Modul wird auch erläutert, wie Sie auf AMP-PD-Daten zugreifen und diese kopieren, wo diese gespeichert sind, wie Sie sie auf Ihre virtuelle Maschine verschieben und wie Sie auf GP2-Daten zugreifen und diese kopieren.
In diesem vierten Modul werden die klinischen Daten und die Erstellung einer Kovariatendatei behandelt. Sie erfahren, wie Sie die spezifischen Informationen abrufen, die AMP PD und GP2 zur Verfügung stellen.
Gewinnen Sie praktische Einblicke in polygene Risikoscores (PRS) und verstehen Sie deren Nutzen und Herausforderungen. Mit diesem Modul können Sie PRS-Analysen in nicht-europäischen Populationen durchführen und Ihre Ergebnisse mithilfe von Violin-, Quantil- und Dichtediagrammen visualisieren. Navigieren Sie durch diese praktische Demonstration und lernen Sie den Code, um Ihre eigene Analyse durchzuführen.
Interessiert an Einzelgenanalyse? In diesem Modul erfahren Sie, wie Sie ein Gen extrahieren, mit Anmerkungen versehen, Belastungsanalysen durchführen, Homozygoten und zusammengesetzte Heterozygoten aus den Daten extrahieren und die Ergebnisse speichern. Navigieren Sie durch diese praktische Demonstration und lernen Sie den Code, um Ihre eigene Analyse durchzuführen.
Im letzten Modul dieser Seminarreihe lernen Sie, was Workflows sind, wann sie eingesetzt werden und anschließend die Grundstruktur der verwendeten Sprache – der Workflow Description Language (WDL) – kennen.
