このコースは、Terra と GP2 および AMP PD のデータとリソース (現在の管理コストを含む) の簡単な概要から始めます。次に、データのアップロード、アクセス、コピーの方法と、臨床データと対話する方法について学習します。最後に、このコースは、非ヨーロッパ集団における多遺伝子リスクスコアの例、単一遺伝子分析、ワークフローと WDL の紹介で終了します。
モジュール
この最初のモジュールでは、Terra について簡単に紹介し、スペースを快適にナビゲートできるようにします。このモジュールを使用すると、GP2 および AMP PD のデータとリソースの概要を簡単に把握することもできます。
この 2 番目のモジュールでは、課金プロジェクトを作成する方法と、Google Cloud プラットフォームで課金プロジェクトを表示および管理する方法を学習します。次に、GP2 の詳細、現在のリリースで利用可能な機能、および QC の実行方法について説明します。
この 3 番目のモジュールでは、ワークスペース バケットにデータをアップロードし、それを仮想マシンにプルする方法を学習します。このモジュールでは、AMP PD データにアクセスしてコピーする方法、その場所、仮想マシンに移動する方法、GP2 データにアクセスしてコピーする方法についても説明します。
この 4 番目のモジュールでは、臨床データと共変量ファイルの作成方法について説明します。AMP PD と GP2 が持つ特定の情報を取得する方法を学習します。
多遺伝子リスクスコア (PRS) に関する実践的な洞察を得て、その有用性と課題を理解します。このモジュールを使用すると、非ヨーロッパ系の集団で PRS 分析を実装し、バイオリン、分位点、密度プロットを通じて結果を視覚化できます。この実践的なデモンストレーションをナビゲートし、独自の分析を実行するためのコードを学習します。
単一遺伝子解析に興味がありますか?このモジュールでは、遺伝子を抽出し、注釈を付け、負荷分析を実行し、データからホモ接合体と複合ヘテロ接合体を抽出して結果を保存する方法について説明します。この実践的なデモンストレーションをナビゲートし、独自の分析を実行するためのコードを学習します。
このセミナー シリーズの最後のモジュールでは、ワークフローとは何か、いつ使用するのか、そして使用される言語であるワークフロー記述言語 (WDL) の基本構造について学習します。
