ハッカソンは、参加者がチームで特定の課題や問題に対する革新的な解決策を開発する、スピード感のあるイベントです。このようなイベントは科学の分野で人気が高まっており、ネットワーキングの機会を提供し、さまざまな解析技術のスキルアップを促進しています。ハッカソンはグローバルパーキンソン病遺伝学プログラム（GP2）コミュニティにとっても非常に効果的であることが証明されており、世界中からGP2メンバーが集まり、パーキンソン病（PD）に関する課題に共同で取り組み、イニシアチブの多様な専門知識を活用しています。その一例が、2021年IPDGC/GP2バーチャル・ハッカソンで、期間中、各チームはＰD研究用のデータ解析ツールやリソースを開発しました。
2023年8月にコペンハーゲンで開催されたGP2年次研究者会議の後、32人のGP2研修生と企画担当者が列車でスウェーデンのMalmö市に向かい、2日にわたりパーキンソン病遺伝学に焦点を当てた様々なプロジェクトに取り組みました。さらに16人の出席者が世界中からバーチャルで参加しました。合計23カ国から48人の参加者がありました。
参加者は、興味関心、専門知識のレベル、時間帯によって8つのチームに分けられました：対面チームが5つと、オンライン参加チームが3つでした。各プロジェクトは、現在利用可能なGP2データを使って解析結果を出すように設計されました。各プロジェクトはTerraで行われ、GP2とAccelerating Medicines Partnership in Parkinson’s Disease（AMP PD）両方のデータをホストするプラットフォーム上で直接データを操作、解析する方法を学ぶ機会が提供されました。事前にGP2プロジェクト提案ワーキンググループで承認された8つのプロジェクトは以下の通りです：
- 単一遺伝子評価（ABCB1）
- 単一遺伝子評価（COMT）
- WGSデータによる家系内のGBA1変異体スクリーニング
- 病原性PD変異体キャリアー
- 単一遺伝子評価 (DNAJC13)
- ハプロタイプ解析（MAPT）
- scRNA-seq解析
- ホモ接合性のラン
2日間のイベントを通してチームのメンバーはお互いを知り、各プロジェクトに必要なデータとコードを準備するために協力しました。一日の終わりには、各チームが進捗状況や潜在的な課題について短い報告を行いました。解析プロジェクト全体を終えるのに2日では時間が足りませんが、各チームは短い時間枠の中で多くを達成しました。2023GP2ハッカソンは終了しましたが、各チームは引き続きプロジェクトに取り組み、その結果を短い報告書や編集者への手紙など、最適な形で発表することを目指します。
今後、対面式とバーチャル式のハッカソンを追加で開催する予定です。このようなイベントや参加方法を探してください。
