S’appuyant sur les enseignements tirés des méthodes de recherche I, ce cours se penche sur les protocoles d’extraction d’ADN en laboratoire, sur la manière de quantifier et d’expédier l’ADN avant de passer en revue les méthodes de contrôle de la qualité de l’ADN et la préparation et le séquençage de la bibliothèque d’Oxford Nanopore avant de conclure par un aperçu des meilleures pratiques de GP2 pour la collecte et le stockage de données cliniques à l’aide de REDCap.
Modules:
- Extraction ADN et quantification
- Qualité ADN : purification, systèmes Femto Pulse et TapeStation
- Préparation bibliothèque et séquençage à longue lecture ONT (Oxford Nanopore Technologies)
- Meilleures pratiques des recueils de données cliniques GP2 et stockage utilisant le REDCap.
Modules
Dans ce premier module, vous découvrirez les protocoles d’extraction d’ADN en laboratoire à partir de différents types d’échantillons, comment quantifier l’ADN, comment expédier des échantillons d’ADN ainsi que certaines procédures de laboratoire standard lors de la manipulation de l’ADN.
Ce deuxième module vous présentera une introduction au séquençage de lecture longue et à l’ADN de haut poids moléculaire, suivie d’informations sur les extractions d’ADN de haut poids moléculaire et les méthodes de contrôle qualité ainsi que des conseils pour ledit contrôle qualité. Enfin, ce module abordera brièvement quelques suggestions de stockage de l’ADN pour aider à préserver la qualité de l’ADN.
Ce module vous guidera à travers la préparation et le séquençage du séquençage de lecture longue pour Oxford Nanopore. Il couvrira également les options d’appel de base et un flux de travail d’analyse de données généré par le consortium CARD qui peut être implémenté sur vos données.
Le dernier module du cours vous présentera la plateforme REDCap et comment vous pouvez l’utiliser pour la collecte, l’organisation et la gestion des données cliniques GP2.
