Comience este curso con una breve descripción general de Terra, así como de los datos y recursos de GP2 y AMP PD, incluidos los costos de gestión actuales. Luego continúe para aprender cómo cargar, acceder y copiar datos y cómo interactuar con datos clínicos. Finalmente, este curso concluye con ejemplos de puntuación de riesgo poligénico en poblaciones no europeas, un análisis de un solo gen y una introducción a los flujos de trabajo y al WDL.
Módulos
Este primer módulo ofrece una introducción suave a lo que es Terra para ayudarle a sentirse cómodo navegando por los espacios. Este módulo también le permitirá tener una descripción general rápida de los datos y recursos de GP2 y AMP PD.
En este segundo módulo, aprenderá cómo crear un proyecto de facturación y cómo ver y administrar esos proyectos de facturación en la plataforma Google Cloud. Luego, analizaremos con más detalle GP2, lo que está disponible en la versión actual y cómo se realizó el control de calidad.
En este tercer módulo, aprenderá cómo cargar datos en su espacio de trabajo y transferirlos a su máquina virtual. Este módulo también explicará cómo acceder y copiar datos de AMP PD, las ubicaciones para ello, cómo moverlos a su máquina virtual y cómo acceder y copiar datos de GP2.
Este cuarto módulo repasará los datos clínicos y cómo crear un archivo de covariables. Aprenderá cómo extraer la información específica que AMP PD y GP2 tienen disponible.
Obtenga conocimientos prácticos sobre las puntuaciones de riesgo poligénico (PRS) y comprenda su utilidad y desafíos. Este módulo le permitirá implementar el análisis PRS en poblaciones no europeas y visualizar sus resultados a través de gráficos de violín, cuantiles y de densidad. Navegue a través de esta demostración práctica y aprenda el código para realizar su propio análisis.
¿Interesado en el análisis de un solo gen? Este módulo cubrirá cómo extraer un gen, anotarlo, ejecutar análisis de carga y extraer homocigotos y heterocigotos compuestos de los datos y guardar los resultados. Navegue a través de esta demostración práctica y aprenda el código para realizar su propio análisis.
En el último módulo de esta serie de seminarios, aprenderá qué son los flujos de trabajo, cuándo usarlos y luego la estructura básica del lenguaje que se utiliza: el lenguaje de descripción de flujo de trabajo (WDL).
