لمحة عامة
في أيلول/سبتمبر 2024، أعلن البرنامج العالمي حول الجينات المرتبطة بداء باركنسون عن إطلاق الدفعة الثامنة من البيانات على منصتي terra وVerily®Workbench بالتعاون مع مشروع تسريع إنتاج أدوية باركنسون AMP® PD. تشمل هذه الدفعة 5481 تسلسلاً كاملاً للجينوم و10454 تسلسلاً سريرياً للاكسوم. سيتم توفير المزيد من الأنماط الجينية في الإصدار القادم.
- تضم بيانات المرض أحادي الجين (تسلسل الجينوم الكامل) اليوم ما مجموعه 7734 مشاركاً تم ترتيبهم وفقاً لهذا التسلسل (6113 فرداً من مرضى باركنسون و617 فرداً من مجموعة الضبط و1004 أفراد من تصنيفات «أخرى»).
- بعد استبعاد العينات المقيدة محلياً، تضم هذه البيانات 4713 مشاركاً (4098 فرداً من مرضى باركنسون و390 فرداً من مجموعة الضبط و225 فرداً من تصنيفات «أخرى»).
- تجدر الإشارة هنا إلى أن الحالات التي تم تجنيدها من خلال شبكة أحادي الجينة صنفت كحالات «أخرى»
- إضافة إلى ذلك، يشمل هذا الإصدار إصداراً جزئياً لتسلسل الجينوم الكامل من مجموعتين ضمن إطار مشروع تسريع تطوير أدوية داء باركنسونAMP ® PD (BioFind and PPMI) والتي تم جمعها مع تسلسل الجينوم العالمي لبرنامج GP2. يمكن ربط العينات التي تم إطلاقها بالهويات الأصلية ضمن مشروع تسريع تطوير أدوية داء باركنسون AMP® PD من خلال ملف روابط الهويات الذي تشمله دفعة البيانات.
- يشمل هذا الإصدار أيضاً 10454 مشاركاً مشتركاً في تسلسل الإيكسوم السريري من مؤسسة باركنسون.
- كما يشمل هذا الإصدار ما مجموعه 62087 فرداً ممّن تتوفر بياناتهم السريرية الأساسية. ومن بين هؤلاء، يوجد 16800 فرد ممّن لديهم تصنيف للأنماط الظاهرية والبيانات الجينية.
ما الجديد في هذه الدفعة؟
- عينات إضافية لتسلسل الجينوم الكامل والمجموعات المشتركة بما يشمل مجموعتين من ضمن مشروع تسريع تطوير أدوية داء باركنسون AMP® PD وهما (BioFind وPPMI)
- بيانات الاكسوم السريرية من مؤسسة باركنسون.
- بيانات سريرية إضافية لأفراد، بحيث وصل عدد الأفراد إلى 62087 فرداً نمتلك بياناتهم السريرية الأساسية
إتاحة الوصول لعيّنات مقيدة محلياً بواسطة Verily Viewpoint Workbench
نستمر في تجريب إتاحة الوصول إلى العيّنات المقيدة محلياً، والتي تخضع لقانون حماية البيانات العامة، وذلك من خلال تعاوننا مع Verily Viewpoint Workbench. وبينما يستمر برنامج GP2 في تطوير حلول لمشاركة البيانات المحميّة بموجب قانون حماية البيانات العامة، سوف تكون الدفعة الثامنة متوفرة حصراً لأعضاء ائتلاف برنامج GP2 وشركائه. ومع استمرار اختبار هذه الحلول وتنفيذها في بداية عام 2024، سوف تصبح هذه الحلول متوفرة لمجتمع الباحثين الأوسع في وقتٍ لاحق. يمكن العثور على كافة عينات الإصدار الثامن على Workbench. يمكن الاطلاع على كل عيّنات الدفعة التي لا تخضع لقانون حماية البيانات العامة على مساحة العمل الجماعية على Terra (تماماً مثل كل الدفعات السابقة). ومن أجل الإطلاع على الدفعة الكاملة من البيانات على Verily Viewpoint Workbench عليك القيام بما يلي:
- الحصول على تصريح للدخول إلى المستوى الثاني من بيانات GP2
- تعبئة نموذج طلب عيّنة خاضعة لقانون حماية البيانات العامة
- الحصول على عضوية ائتلاف GP2 (من خلال المساهمة بمجموعة من المشاركين، أو الشراكة مع برنامج GP2 أو العضوية في فريق إجراء التحاليل)
البيانات السريرية
يحتوي هذا الإصدار على بيانات سريرية لما مجموعه 62087 فرداً ممّن نمتلك معلوماتهم الجينية وبياناتهم السريرية الأساسية. تشمل هذه الدفعة بيانات سريرية عميقة مُصنّفة بحسب الأنماط الظاهرية ل16800 فرد. وتشمل هذه المعلومات:
- العمر عند التشخيص وبداية المرض
- التشخيصات الأولية والحالية والأحدث
- الاختبارات الإدراكية مثل الاختبار المُصغَّر للحالة العقلية (MMSE) وتقييم مونتريال الإدراكي (MoCA)
- مراجعة مقياس تصنيف داء باركنسون الموحد برعاية جمعية اضطرابات الحركة (MDS-UPDRS)
- أنماط ظاهرية «أخرى» مُفصّلة، مثل خرف أجسام ليوي
- تجدر الإشارة هنا إلى أن الحالات التي تم تجنيدها من خلال شبكة أحادي الجينة صنفت كحالات «أخرى»
التسلسل السريري للإكسوم
يغطي التسلسل السريري للإكسوم الذي وفرته مؤسسة باركنسون 10454 عينة من هذا الإصدار، ويوفر تحليلاً للمناطق والحدود التي تفصل بين الإنترونات والإكسونات splice junctions لـ 4717 جيناً. يسعى هذا التسلسل المستهدف لتحديد المتغيرات ذات المغزى السريري المحتمل ورفع تقارير حولها، وذلك بالتركيز على تلك التي تتوافق مع المعلومات السريرية للمريض وتاريخه العائلي. للمزيد من المعلومات التفصيلية يرجى زيارة صفحة Fulgent Genetics Clinical Exome.
تسلسل الجينوم الكامل بواسطة DeepVariant-GLnexus
نستخدمGoogle’s DeepVariant pipelineوGLnexusلتحديد المتغيرات على مستوى المجموعات. DeepVariant هي أداة لاكتشاف المتغيرات، وتستند إلى التعلّم المتعمق وتتفوق على أحدث الأدوات التي تقوم بتحديد المتغيرات الجينية على المستوى الفردي بشكل دقيق. كما تُسهّل العملية وتُعزّز الدقة والمصداقية. تنقسم سلالات المشاركين في دراسة المرض المعقد في GP2، والتي تم تحديدها وفقًا للجينات، إلى 11 مجموعة من سلالات النسب. ويوضح الجدول أدناه خضوع السلالات المُحدّدة بحسب جينات المشاركين في دراسة المرض المعقد في هذه الدفعة لمعايير ضبط الجودة وتحديد النسب. تشمل هذه الأرقام عيّنات من دفعات سابقة تمت إعادة تجميعها في فئات باستخدام ملف التجميع الجديد وتم فحصها لضبط الجودة، بالإضافة إلى العينات المتفردة لهذه الدفعة والتي تم تصنيفها وراثياً ومشاركتها في الدفعة الحالية. 
سوف نستمر في العمل على تعزيز التنوع في مجموعات المشاركين في الدفعات القادمة من البيانات. يمكنكم الإطلاع علىلوحة متابعة معلومات المشاركين لمواكبة التقدم المحرز. يُمكن للمستخدمين الذين يملكون إذن الدخول إلى المستوى الثاني من البيانات استكشاف هذه البيانات على متصفح المجموعات المشاركة، والتي تم الحديث عنها بشكل موسع في مدونة سابقة.
وكالعادة، يُرجى العودة إلى ملف README الذي يرافق كل دفعة من بيانات GP2 للمزيد من التفاصيل حول المسارات والبيانات والتحليلات.
