Dans l’ensemble, le Programme mondial sur la génétique de la maladie de Parkinson (GP2) vise une politique du « sans surprises », où analyses, projets et manuscrits sont coordonnés et communiqués de manière ouverte et transparente. Le GP2 souhaite que les données soient utilisées aussi largement et ouvertement que possible.
- Dans le cas des manuscrits présentés par un groupement (une grande étude d’association pangénomique (GWAS) par exemple), tous les chercheurs contributeurs seront mentionnés au titre d’auteurs et le manuscrit sera partagé avec l’ensemble du réseau GP2 dans un délai de deux semaines avant qu’il ne soit soumis.
- En ce qui concerne les membres du GP2 qui réalisent des sous-analyses à partir des données du GP2(ex. : étude spécifique gène/locus), seuls les chercheurs ayant contribué activement aux travaux figureront comme auteurs dans la liste des auteurs. La bannière du GP2 sera cependant incluse dans la liste des auteurs. Ainsi, tous les chercheurs du GP2 y figureront au titre d’auteurs complémentaires et pourront faire l’objet d’une recherche sur PubMed. Le manuscrit sera partagé au sein du réseau GP2 deux semaines avant d’être soumis.
- En ce qui concerne les manuscrits provenant d’entités externes non-membres du GP2 (analyses d’utilisateurs externes ou résumé des sous-analyses statistiques, par exemple), vous êtes priés de mentionner le GP2 dans vos remerciements et d’indiquer les jeux de données du GP2 que vous avez utilisés dans votre répertoire en mentionnant la base de données AMP PD et la version du jeu de données utilisée. N’oubliez pas de partager votre manuscrit avec nous après qu’il a été posté en l’envoyant à[email protected]. Nous serons ravis d’en prendre connaissance ! En ce qui concerne les manuscrits provenant de membres du GP2, sachez que si vous travaillez avec des données du GP2 et des téléchargements de prépublications (ex. bioRxiv) au moment de l’envoi à une revue pour révision, les publications en accès libre et le partage de code sont obligatoires. Nous recommandons fortement qu’il en soit fait de même avec les manuscrits externes utilisant des données du GP2.
Introduction
Le Programme mondial sur la génétique de la maladie de Parkinson (GP2) est une initiative internationale visant à mieux comprendre la base génétique de la maladie de Parkinson (MP) et à démocratiser l’accès aux données et aux résultats. Le GP2 est financé par Aligning Science Across Parkinson’s initiative (ASAP, https://gp2.org/) et parmi les objectifs stratégiques de ce programme figurent le soutien apporté à la collaboration, à la génération de sources d’information et à la démocratisation des données. La diffusion des données du GP2 est l’un des objectifs majeurs du projet GP2 et ASAP encourage la publication aussi large, rapide et ouverte que possible.
Aperçu général
L’objectif de cette politique est d’assurer que :
- Les données et les résultats du GP2 sont diffusés intégralement, fidèlement et rapidement.
- Les membres de l’étude du GP2 sont reconnus pour leur effort dans l’étude de conception, l’acquisition et l’analyse des données ainsi que le recueil d’échantillons de matériel biologique.
- Les publications du GP2 peuvent être suivies pour élaborer un recueil complet des résultats issus des travaux du GP2.
- Les résultats des analyses des données du GP2 sont ouvertes et en accès libre et gratuit, dans la mesure du possible.
Accès libre
Les publications émanant du comité directeur du GP2, des groupes de travail ou de tout autre bénéficiaire d’un financement du GP2 doivent se plier à la politique d’accès libre de l’ASAP et de la Fondation Michael J. Fox (MJFF) publiéesici et ici www.michaeljfox.org/openaccesspolicy, respectivement. Ce la signifie que toutes les publications provenant du GP2 s’accompagneront de:
- Accès en ligne gratuit et immédiat dès publication, les bénéficiaires conservant les droits d’auteur via la licence CC BY 4.0 (ou équivalent) pour une réutilisation sans restriction.
- Manuscrits mis en ligne dans un référentiel de prépublications en libre accès dès soumission à une revue pour examen (ou date antérieure).
- Tous les résultats de recherche (données, protocoles, codes) sont mis à disposition dans des référentiels accessibles au public et cités dans la publication.
- Mentions pertinentes des travaux financés par l’ASAP.
Pour encourager le libre partage de résultats, les utilisateurs extérieurs des données du GP2 qui ne bénéficient pas d’un financement du GP2 sont fortement encouragés à suivre la politique de libre accès de l’ASAP et de la MJFF.
Résultats et partage du code
En vertu de la politique de libre accès de l’ASAP et de la MJFF, le comité directeur du GP2, les groupes de travail et tout bénéficiaire de financement du GP2 veilleront à rendre les résultats et le code, conservés ou générés par le biais des données du GP2, disponible au public et facilement accessibles en ligne dans les référentiels de libre accès.
Le GP2 remettra les données aux plateformes de données telles que Accelerating Medicines Partnership (Partenariat d’accélération des traitements) : Plateforme sur la maladie de Parkinson (AMP® PD) et https://www.ebi.ac.uk/gwas/. Le GP2 partagera les protocoles par le biais de plateformes telles quehttps://www.protocols.io/ et https://github.com, au plus tôt et dès que possible. Cela inclut les résumés des statistiques, les métadonnées, la documentation et des exemples de calculs choisis, le cas échéant. Concernant les lignes d’orientation relatives au partage du code, veuillez vous référer aux meilleurs pratiques du GP2 et au document sur l’adoption des pratiques de normalisation du code pour toute information complémentaire. Notez que pour soumettre tout article, le code doit être enregistré avec un identifiant permanent pour que le code soit reconnu au moment de la soumission de l’article grâce àZenodo. Afin d’encourager le partage des résultats et du code, les utilisateurs externes des données du GP2 ne bénéficiant pas d’un financement du GP2, sont fortement encouragés à partager leurs résultats et le code sur les plates-formes de données en ligne en accès libre.
Révision administrative
Tous manuscrits, prépublications, résumés/posters utilisant des données du GP2 doivent être préalablement soumis au GP2 pour une révision administrative avant d’être envoyés aux journaux et bases de données publiques ou présentés en conférences. Le GP2 s’engage à répondre à toutes ces sollicitations dans un délai de deux semaines. Notez que tout article en prépublication doit être posté au moment de la soumission aux journaux (voire avant). Pour soumettre un manuscrit ou un résumé/poster au comité directeur du GP2, veuillez envoyer un courriel à [email protected].
Remerciements
Tous les manuscrits, prépublications, résumés/posters élaborés à partir des données du GP2 doivent mentionner l’ASAP et le GP2 selon la formulation suivante :
« [Les données et/ou le code] utilisés dans la préparation de cet article ont été obtenus auprès du Global Parkinson’s Genetics Program (GP2). Le GP2 est financé par l’initiative Aligning Science Against Parkinson’s (ASAP) et mis en œuvre par la Fondation Michael J. Fox pour la recherche sur la maladie de Parkinson (https://gp2.org). Pour obtenir la liste complète des membres du GP2, veuillez consulter https://gp2.org. »
Tous les manuscrits, prépublications, résumés/posters élaborés à partir des données du GP2 doivent mentionner l’ASAP et le GP2 selon la formulation suivante :
« Ce projet a bénéficié du soutien du Programme mondial sur la génétique de la maladie de Parkinson (GP2). Le GP2 est financé par l’initiative Aligning Science Against Parkinson’s (ASAP) et mis en œuvre par la Fondation Michael J. Fox pour la recherche sur la maladie de Parkinson (https://gp2.org). Pour obtenir la liste complète des membres du GP2, veuillez consulter https://gp2.org. »
Auteurs
Les chercheurs sont autorisés à utiliser les données du GP2 pour tout projet ou analyses, en conformité avec l’accord sur l’utilisation des données du GP2. Il existe trois types de publications du GP2 :
Publications dirigées par un consortium, axées sur le GP2
1) Sur les documents rédigés par le comité directeur du GP2 ou les groupes de travail essentiellement fondés sur le jeu de données collectif du GP2, tous les membres du GP2 sont considérés comme coauteurs et le nom du consortium (Global Parkinson’s Genetics Program – GP2) doit être placé après celui des principaux auteurs (selon les orientations du journal). Tous les auteurs nommés doivent pouvoir lire, commenter et accepter le document avant qu’il ne soit envoyé. Les auteurs peuvent décider volontairement de ne pas figurer sur la liste d’auteurs et tout coauteur qui ne répondrait pas dans un délai de deux semaines après réception de la demande de commentaires relative à un manuscrit ou qui ne fournirait pas les informations demandées par les journaux peut être retiré de la liste des auteurs figurant dans les remerciements.
Documents incluant les données du GP2 à titre secondaire
2) Dans les analyses qui utilisent les données de génotype individuel provenant de la base de données du GP2 en seconde intention (pour répliquer des résultats ne relevant pas des données du consortium ou du manuscrit sur les gènes/locus, par exemple), les membres de la première analyse et les groupes de rédaction seront nommés au titre d’auteurs. Tous les autres auteurs figurent sous le nom du consortium, lequel est inclus dans la liste des auteurs, entre le premier et le dernier auteur. Les auteurs inscrits sur la liste au titre de membre du consortium apparaîtront clairement et seront référencés dans PubMed, une fois le traitement de PubMed achevé. Tous les auteurs mentionnés et figurant dans les notes de bas de page doivent pouvoir, au préalable, voir, commenter et donner leur accord pour l’envoi du document. Les auteurs peuvent décider volontairement de ne pas figurer sur la liste d’auteurs et tout coauteur qui ne répondrait pas dans un délai de deux semaines après réception de la demande de commentaires relative à un manuscrit ou qui ne fournirait pas les informations demandées par les journaux pourra être retiré de la liste d’auteurs figurant dans la section des remerciements.
Documents externes
3) Il est possible que le nom du consortium n’apparaisse pas sur la ligne d’auteurs relative aux publications rédigées par des membres extérieurs au consortium. Pour ces publications, les membres de consortium ne seront pas listés dans PubMed.
Conformément à la section de remerciements ci-dessus, toute publication utilisant des données du GP2 doit comprendre des remerciements à l’intention de l’ASAP et du GP2.
Situations exceptionnelles
Les politiques mentionnées ci-dessus devraient couvrir la majorité des utilisateurs de données du GP2. Le GP2 espère que les chercheurs respecteront de bonne foi ces lignes directrices et que les analyses seront majoritairement de grande qualité. Toutefois, le GP2 n’exclut pas qu’il puisse y avoir des circonstances inhabituelles.
Manuscripts laissant à désirer
Si la révision réalisée par le comité directeur du GP2 sur un manuscrit proposé estime qu’il laisse à désirer en termes de libellé, de questionnement scientifique, d’analyse méthodique, de rédaction ou de clarté, le comité directeur du GP2 se réserve le droit d’indiquer aux auteurs qu’il ne pourra pas être publié avant d’être profondément remanié. Si, malgré tout, les auteurs décident de soumettre leur manuscrit, le comité directeur du GP2 peut opter pour trois solutions : 1) demander que la mention du groupe en tant qu’auteur soit retirée ; 2) demander aux auteurs de publier une déclaration indiquant qu’en dépit de l’utilisation de données du GP2, le groupe du GP2 considère que le manuscrit est insuffisant pour autoriser sa publication ; 3) révoquer les droits d’utilisation des données du GP2 à l’avenir.
Manquement à l’accord sur l’utilisation des données du GP2
Si, par inadvertance, les utilisateurs contreviennent à l’accord sur l’utilisation des données du GP2, ils rétabliront sans doute d’eux-même la situation dès qu’ils en prendront connaissance. En cas de manquement délibéré aux accords par les utilisateurs, le GP2 n’aura d’autre choix que de leur ôter l’accès aux données du GP2.
Consentement aux règles des conférences
Les auteurs déclarent être les propriétaires des travaux et matériels présentés aux fins des événements et réunions pour illustrer la nature de leurs travaux et ceux de leur groupe, et ils remercient, reconnaissent et citent les travaux et matériels d’autres auteurs/groupes, y compris le GP2, conformément au code d’éthique de la conférence et/ou de la profession.
Utilisation frauduleuse des données
Un accès libre qui n’utiliserait que l’enregistrement en ligne ouvrirait la possibilité à certaines personnes d’accéder aux données sous un faux prétexte. Si le comité directeur du GP2 prend connaissance d’une tentative de publication qui aurait obtenu les données du GP2 de façon frauduleuse, l’utilisateur sera sanctionné par une notification du comité directeur du GP2 adressée au chercheur ou au superviseur, aux personnes/comité responsable du contrôle et/ou au conseil d’administration. Dès lors qu’un manquement à l’accord sur l’utilisation des données est porté à la connaissance du comité directeur du GP2, des mesures de correction immédiates seront prise afin d’y faire face. Ces mesures peuvent prendre la forme d’une suspension du droit d’accès aux données pour l’utilisateur ou de l’envoi d’une notification relatant la violation de l’accord à toute personne ou organisation pertinente.
La Fondation Michael J. Fox, l’ASAP et le comité directeur du GP2 se réservent le droit de modifier les conditions de l’accord, procédant pour ce faire à une notification des modifications en question sur cette page. Toute modification prend effet immédiat après sa publication (sauf mention contraire). Nous vous invitons à consulter cette page régulièrement pour prendre connaissance des conditions de l’accord en vigueur.