Le hackathon GP2 2025 s’inscrivait dans le cadre d’un vaste programme de formation du GP2, conçu pour favoriser l’apprentissage pratique, la collaboration et le mentorat auprès des chercheurs en début de carrière. Du 27 au 29 août 2025, 16 stagiaires se sont réunis à Lübeck, en Allemagne, pour un événement dynamique de trois jours, accueilli par la professeure Christine Klien à l’Université de Lübeck.
Dans le cadre du hackathon, ont eu lieu des projets intensifs exploitant les données les plus récentes du GP2 et des activités de formation interactive et de réseautage. Plusieurs équipes ont utilisé Verily Workbench pour accéder aux ensembles de données du GP2 et effectuer leurs analyses directement dans un environnement en nuage.
Les stagiaires ont également eu l’occasion d’échanger et de bénéficier de mentorat de la part de membres de l’équipe de direction de GP2, présents sur place pour une réunion parallèle. Ces rencontres ont suscité des discussions utiles sur les possibilités d’évolution de carrière et de collaboration, ainsi que sur les moyens pour le GP2 de continuer à soutenir les stagiaires à l’avenir.
Participation internationale
La cohorte de stagiaires du hackathon de cette année rassemblait des participants de 13 pays sur six continents, illustrant l’engagement du GP2 en faveur d’une recherche inclusive et véritablement mondiale.
- Amérique du Nord ETATS-UNIS
- Afrique : Afrique du Sud, Ghana et Algérie
- Amérique latine : Mexique, Chili et Brésil
- Asie : Malaisie et Arménie
- Europe : Royaume-Uni, Slovénie et Ukraine
- Océanie : Australie
* Hackathon 2025 : stagiaires, chargés de projet et membres du Groupe de travail sur la formation et le réseautage du GP2
Aperçus des projets
Les stagiaires ont été répartis en quatre équipes, chacune consacrée à un projet d’analyse spécifique et accompagnée par un mentor expérimenté.
- Projet 1 : Sous la direction de Lara M. Lange, l’équipe a développé un outil de recherche des gènes LRRK2 : cette une interface centralisée et conviviale permet de rechercher les données génétiques et fonctionnelles relatives aux gènes LRRK2 et à ses variants au sein de différentes cohortes de personnes atteintes de la maladie de Parkinson.
- Projet 2 : Sous la direction de Mary Makarious, l’équipe a évalué des scores de risque polygénique en utilisant les statistiques synthétisées de la Meta-étude d’association pangénomique européenne du GP2 , et a comparé les résultats à ceux de modèles précédents.
- Projet 3 : Sous la direction de Hampton Leonard, l’équipe a étudié l’enrichissement des signaux génétiques selon le type cellulaire afin d’identifier quels types de cellules cérébrales présentent les liens les plus forts avec les variants associés à la maladie de Parkinson.
- Projet 4 : Sous la direction de Zih-Hua Fang, l’équipe s’est concentrée sur la détection à l’échelle du génome des expansions de répétitions à l’aide d’ExpansionHunter Denovo, avec pour objectif d’identifier des expansions de répétitions connues ou nouvelles susceptibles d’expliquer certains loci GWAS encore non résolus.
Témoignages
« J’ai une formation clinique. Grâce au hackathon, j’ai pu beaucoup renforcer mes compétences. Cela m’a aidé à acquérir de l’expérience en matière de planification, de répartition des tâches, d’organisation du travail en équipe, et m’a également permis de découvrir des outils bioinformatiques pour l’extraction de données et l’analyse de variants. » – Elías Fernandez-Toledo, représentant des stagiaires du GP2 pour l’Amérique latine [Groupe de hackathon 1] * De gauche à droite : Vesna van Midden, stagiaire du GP2 ; Elías Fernandez-Toledo, stagiaire du GP2 ; Lara Lange, chargée de projet du groupe 1
« L’occasion d’échanger avec d’autres stagiaires m’a offert de nouvelles perspectives sur la façon de présenter nos résultats de manière efficace. » « Grâce à Verily Workbench, j’ai appris à résoudre des bugs et à exécuter des scripts plus efficacement. » – Lucas Faria Costa, représentant des stagiaires du GP2 pour l’Amérique latine [Groupe de hackathon 2] * De gauche à droite : Ana Jimena Hernández-Medrano, stagiaire du GP2 ; Mariam Isayan, stagiaire du GP2 ; Mary Makarious, chargée de projet du groupe 2
« Le hackathon m’a aidé à développer des compétences en génomique fonctionnelle, ce qui est utile pour ma carrière. » « C’était une aubaine ! » – Alexandra Zirra, représentante des stagiaires du GP2 pour l’Europe [Groupe de hackathon 3] * De gauche à droite : Solomiia Bandrivska, stagiaire du GP2 ; Alexandra Zirra, stagiaire du GP2 ; Hampton Leonard, chargé de projet du groupe 3 ; Paula Reyes, stagiaire du GP2
« Je n’avais encore jamais travaillé avec des données de séquençage du génome entier, donc c’était un très bon apprentissage. Je pense que les présentations de Mary Makarious et Spencer Grant sur les bonnes pratiques de publication d’articles, ainsi que l’introduction aux ensembles de données publics, étaient également très utiles, car elles nous ont apporté une formation complémentaire directement en lien avec les analyses que nous menons. » – Kathryn Step, représentante des stagiaires du GP2 pour l’Afrique [Groupe de hackathon 4] * De gauche à droite : Yasser Mecheri, stagiaire du GP2 ; Kathryn Step, stagiaire du GP2 ; Zih-Hua Fang, chargé de projet du groupe 4 ; Carlos Hernández, stagiaire du GP2 ; Victor Flores Ocampo, stagiaire du GP2
L’activité de speed networking a été une excellente occasion pour les stagiaires de nouer des contacts et de briser la glace avec les membres du comité d’organisation. Cela a créé un espace de dialogue bienveillant sur l’avenir des opportunités de formation offertes par le GP2 et nous a aidés à réfléchir à la manière de maintenir l’élan et de continuer à élargir les possibilités au sein du réseau des stagiaires. » – Charlotte Andrews, coordinatrice du groupe de travail Formation et réseautage de GP2 * Séance de speed networking réunissant des stagiaires du GP2, des chargés de projet et des membres de l’équipe de direction du GP2
Perspectives d’avenir
Ce hackathon a contribué à lancer plusieurs projets prometteurs qui s’appuient sur les publications et les jeux de données récents du GP2. Les analyses sont encore en cours, mais les collaborations ayant vu le jour à Lübeck devraient se poursuivre dans les mois à venir.
Nous prévoyons d’organiser d’autres hackathons prochainement. Si vous souhaitez participer ou en savoir plus, n’hésitez pas à nous contacter.
* Programme de formation du GP2 de 2025 : Stagiaires du GP2, chargés de projet des hackathons, membres du groupe de travail Formation et réseautage, et membres de l’équipe de direction du GP2 * Toutes les photos sont créditées à Christoph Westenberger, membre du réseau monogénique du GP2.
