Aufbauend auf den Erkenntnissen aus Forschungsmethoden I befasst sich dieser Kurs mit Protokollen zur DNA-Extraktion im Labor und der Quantifizierung und Versendung von DNA. Anschließend werden Methoden zur DNA-Qualitätskontrolle sowie die Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung von Oxford Nanopore besprochen, bevor abschließend ein Blick auf die Best Practices von GP2 zur Erfassung und Speicherung klinischer Daten mit REDCap geworfen wird.
Module:
- DNA-Extraktion und -Quantifizierung
- DNA-Qualität: Aufreinigung, Femto-Impulse und Tapestation
- Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung für Oxford Nanopore
- Bewährte Praktiken für die Erfassung und Speicherung klinischer GP2-Daten mit REDCap
Module
In diesem ersten Modul lernen Sie Laborprotokolle zur DNA-Extraktion aus verschiedenen Probentypen kennen, erfahren, wie man DNA quantifiziert, wie man DNA-Proben versendet und lernen einige Standardlaborverfahren beim Umgang mit DNA kennen.
Dieses zweite Modul führt Sie durch eine Einführung in die Sequenzierung langer Leseabschnitte und hochmolekularer DNA, gefolgt von Informationen zur Extraktion hochmolekularer DNA und zu Qualitätskontrollmethoden sowie Tipps für die besagte Qualitätskontrolle. Abschließend werden in diesem Modul kurz einige Vorschläge zur DNA-Speicherung behandelt, um die DNA-Qualität zu bewahren.
Dieses Modul führt Sie durch die Vorbereitung und Sequenzierung langer Lesevorgänge für Oxford Nanopore. Darüber hinaus werden Basecalling-Optionen und ein vom CARD-Konsortium generierter Datenanalyse-Workflow behandelt, der auf Ihre Daten implementiert werden kann.
Das letzte Modul des Kurses stellt Ihnen die REDCap-Plattform vor und zeigt Ihnen, wie Sie diese für die Erfassung, Organisation und Verwaltung klinischer GP2-Daten verwenden können.
