Politique de libre accès

L’ASAP exige que toutes les publications respectent les règles suivantes :

• Accès libre immédiat: Les travaux de recherche ayant fait l’objet d’une évaluation de professionnels, acceptée par les auteurs, doivent être mis à disposition immédiatement et gratuitement, et ce sans période probatoire (zéro délai).
• Droits d’utilisation illimités: Les articles doivent être publiés sous la licence CC-BY 4.0 de Creative Commons Attribution ou bien sous la licence CC0 qui n’impose pas de mentions ou équivalent. Ces deux types de licence autorisent l’utilisation illimitée du matériel.

Dans le cadre d’une subvention financée par plusieurs donateurs (ce que soutient l’ASAP en partie), si certains d’entre-eux s’interrogent sur cette politique, l’ASAP se mettra en contact avec eux pour comprendre leurs préoccupations. Contactez nous à[email protected] pour que nous en parlions. Nous suivons de près le respect de nos politiques de libre accès par les bénéficiaires, c’est pourquoi il est important que nous en parlions avant la publication, de surcroît en cas d’objection. Vous trouverez ci-dessous le détail des conditions à respecter.

Comment assurer un accès libre immédiat ?

Ces conseils sont conçus pour vous permettre de choisir la revue de votre choix, tout en respectant les conditions de libre accès immédiat et d’utilisation sans restriction de votre publication scientifique dans sa version originale.

• Voie 1 (préférentielle) : Publication dans une revue « gold » ou « hybride » qui fournit un accès libre et immédiat à la version finale et publiée de l’article (en anglais « version of record » ou [VoR]) et qui peut être assortie d’une licence de type « CC BY » ou équivalente. La majorité des revues « gold » ou « hybride » acceptent les licences de type « CC BY ». Dans le cas contraire, vous devez suivre la « Voie 2 ».
  • Les revues « Gold » fournissent un accès libre et immédiat à tous les articles.
  • Les revues hybrides assurent le libre accès à certains articles moyennant un supplément, mais ne permettent pas le libre accès à tous leurs articles.
• Voie 2 (à éviter) : Publication dans une revue à abonnement et dépôt du manuscrit accepté (en anglais « AAM », version après examen du comité de lecture et acceptée par la revue) dans Pubmed Central sous une licence « CC BY ». Dans ce cas (il s’agit de l’option « verte »), le manuscrit accepté doit être mis à la disposition du public immédiatement après la publication de la version finale publiée par la revue. Certaines revues hybrides n’acceptent pas les licences « CC BY » ; vous devez alors suivre cette procédure. La voie 2 est à éviter car le manuscrit accepté ne comprend pas les éventuelles modifications, mises à jour ou corrections apportées à l’article. Cependant, le manuscrit accepté peut être référencé sous la mention « version finale publiée », pour ceux qui souhaiteraient lire ou citer la version officielle. Si vous envisagez cette procédure, veuillez nous contacter par email à :[email protected].pour nous expliquer pourquoi la voie 1 n’est pas envisageable.

Notez que dans nos considérations de financement, nous tiendrons compte du mérite intrinsèque des travaux, et non du titre ou de l’indice de citations de la revue ou de l’éditeur. et ce, en vertu de la déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche (DORA), dont nous sommes signataires.

Soutien de l’ASAP : prise en charge des frais de publication raisonnables

Pour vous aider à respecter nos principes, l’ASAP prendra en charge les frais de publication raisonnables pour assurer le libre accès des articles et revues. L’ASAP, en collaboration avec notre partenaire, la Fondation Michael J Fox (MJFF), fournit une assistance aux frais de publication, le cas échéant. Pour demander la couverture des frais, vous pouvez remplir le formulaire en ligne.  Une fois la demande déposée, l’équipe ASAP accuse réception par courriel, par l’intermédiaire de la Fondation Michael J Fox. L’équipe ASAP examine ensuite votre demande, dans un délai de 3 à 4 jours ouvrables, puis vous informe de sa décision par courriel. Il se peut que nous vous contactions pour obtenir un complément d’information utile à l’examen du dossier. Le délai d’examen peut se prolonger en fonction de votre temps de réponse et de la nature des renseignements complémentaires fournis. Une fois la demande acceptée, vous pourrez transmettre à l’équipe de l’ASAP les courriers de l’éditeur indiquant le montant à régler lors de la validation éditoriale finale de l’article. En général, un lien est inclus pour solliciter une facture. Ensuite, nous demandons à l’éditeur de transmettre une facture adressée à la Fondation Michael J Fox et réglons les frais en votre nom. En dernier lieu, nous vous transmettons un exemplaire de la confirmation du règlement envoyée par l’éditeur.

Comment être sûr de disposer de la licence CC nécessaire pour obtenir des droits de réutilisation sans restriction ?

Pour toute publication, vous devez appliquer une licence dite « d’obligation d’attribution » de type « Creative Commons (CC) » ou une licence de domaine public à tous les manuscrits acceptés résultant de soumissions à des revues à un comité de lecture et faisant état de recherches originales. Vous trouverez ci-dessous les catégories de licences qui sont conformes à la disposition de libre accès de l’ASAP.

• La licence CC By 4.0 est la licence par défaut requise pour tous les documents de recherche. La licence garantit que l’on vous attribue la paternité de l’œuvre (propriété intellectuelle) mais permet de la partager librement (redistribution sur tout support ou dans tout format ou adaptation à des fins ultérieures).
• La licence CC0 est applicable aux auteurs qui travaillent pour le compte de l’État, ou à d’autres contenus du domaine public. Cette licence ne comporte pas « d’obligation d’attribution ».
• Dans certains cas exceptionnels, il est possible d’appliquer la licence CC BY-ND. Dans le cadre d’une licence CC BY-ND, aucune œuvre dérivée du contenu original n’est autorisée (c’est-à-dire que le contenu reste inchangé). Dans ces cas, avant que la publication ne soit retenue, vous devez justifier de cette exception en nous contactant par email : [email protected]. Toutes les demandes seront examinées au cas par cas.

Dans l’éventualité rare d’un désaccord avec l’éditeur concernant l’obligation de licence et l’obligation d’accès immédiat en ligne, contactez l’ASAP pour vous assister à[email protected]. Pour bénéficier de la licence adéquate, procédez comme suit :

• Indiquez que le manuscrit déposé est soumis à une licence de droit d’auteur public CC BY (ou CC0, CC BY-ND, le cas échéant) dans la section des remerciements de votre manuscrit soumis (à la fois au serveur de prépublication et à l’éditeur). Pour les formulations exigées, consultez la section des « remerciements » de la Condition 4.
• Vérifiez le type de licence retenu par la revue CC BY (ou CC0, CC BY-ND) dans la version finale publiée (la version finale de l’article publié par la revue). En général, les revues mentionnent les conditions de licence d’un article dans un onglet intitulé « Droits et autorisations » ou « Droits d’auteur ». Si vous ne trouvez pas ces renseignements, nous vous conseillons d’envoyer un courriel à l’éditeur.
  • Si la revue dispose des licences appropriées et que l’article est publié dans une revue en libre accès (gold ou hybride), abstenez-vous de toute démarche. La revue soumettra votre article à PubMed Central (PMC) ou Europe PMC dès sa publication.
  • Si la revue ne dispose pas de la licence appropriée, et/ou si la revue est sur abonnement, soumettez le manuscrit accepté à PubMed Central de façon de sorte qu’il paraisse en même temps que la version finale publiée de l’article.

Les prépublications, soit les avant-projets de manuscrits en souffrance d’une évaluation par un comité de lecture, doivent être soumis à un référentiel public de prépublication (par exemple, bioRxiv or medRxiv), au plus tard dès qu’ils sont soumis à une revue. Les manuscrits d’auteurs doivent être identiques à la version soumise pour publication, reliés aux résultats des travaux de recherche et détenir une licence CC telle que décrite ci-dessus.

Dès que l’article revu par un comité de lecture est publié, la version de prépublication doit y faire référence. C’est en général fait automatiquement par bioRxiv ou medRxiv lorsque la publication finale apparaît dans la plupart des revues, dès lors que le titre de l’article n’a pas été modifié. En cas de publication dans une revue sur abonnement qui ne disposerait pas d’options de libre accès, la version de prépublication doit faire référence au manuscrit accepté et être assortie de la licence CC BY ou d’une licence équivalente publiée dans PubMed Central.

La politique de libre accès de l’ASAP exige non seulement d’assurer le libre accès aux versions en prépublication et aux manuscrits publiés, mais aussi de veiller à ce que les chercheurs bénéficiant d’une bourse assurent l’accès aux données de la recherche et au code qui sont à l’origine des résultats de leurs travaux de recherche.

A tout le moins, les données qui sous-tendent les articles scientifiques doivent être mises à la disposition d’autres chercheurs, sur des référentiels de communauté reconnus, au moment de la pré-impression et soumission du manuscrit, ainsi que tout logiciel original exigé pour visionner les ensembles de données ou reproduire les analyses.

Les données sous-jacentes englobent toutes les données primaires, les métadonnées associées (à l’exception des dossiers médicaux protégés [PHI]ou des dossiers médicaux protégés électroniquement [(ePHI]) et toutes autres données pertinentes pour comprendre, accéder ou reproduire les résultats annoncés des études. Notez que les données peuvent inclure les logiciels, les ensembles de données, les protocoles, les outils et les réactifs utilisés. Cela est essentiel pour permettre à d’autres de vérifier, de reproduire et de réutiliser les données autrement. De plus, une bonne gestion et un classement soigné des données et du code permet d’en garantir la provenance et la préservation en vue d’utilisations futures.

Ces politiques sont alignées sur les meilleures pratiques en vigueur dans le secteur, y compris les politiques de mise à disposition des données exigées par divers éditeurs.

Veuillez noter que l’ASAP approuve les principes directeurs FAIR pour la gestion et l’utilisation des données scientifiques, publiés dans Scientific Data en 2016. Ces orientations ont pour objectif d’améliorer l’obtention, l’accès, l’interopérabilité et la réutilisation des actifs numériques.

Les exigences des politiques de l’ASAP et des principes FAIR sont :

1. tout fichier pertinent de données est décrit par des métadonnées adéquates.
2. Un identifiant unique, permanent et universel qui est inclus dans les principales métadonnées est attribué à tout jeu de données.
3. L’identifiant permanent et les métadonnées adéquates sont enregistrées ou indexées dans une source fiable et consultable.
4. Les remerciements de l’ASAP sont inclus dans le fichier référentiel.

Choix du référentiel pour les données et les logiciels sous-jacents

L’ASAP fournira une liste de référentiels de données à privilégier, où tous les travaux financés devront être déposés. De plus, nous travaillerons avec les équipes pour identifier les plateformes appropriées. Veuillez tenir compte que le référentiel de données de votre choix doit se conformer à ce qui suit :

• qu’il permette le libre accès immédiat des données sous-jacentes après la publication et la soumission de votre manuscrit à un journal ;
• qu’il permette la réutilisation dans le cadre d’une licence qui ne soit pas plus restrictive que la licence 4.0 de Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) ;
• qu’il attribue à votre jeu de données un numéro unique et permanent tel qu’un identifiant d’objet numérique (DOI) pour faciliter les références et citations ;
• qu’il fournisse un système de stockage et de conservation longue-durée, tels que les systèmes fiables des normes ISO sur le dépôt numérique.

Pour toute question sur les référentiels conseillés, veuillez nous contacter par email à :[email protected] ou [email protected].

Référentiels pour protocoles, sources de laboratoires et logiciels

Protocoles : Les protocoles expérimentaux utilisés dans les travaux financés par l’ASAP doivent être rendus publics (et mis à jour le cas échéant) par le biais d’un protocole de partage de services tels que les protocols.io. L’ASAP apportera son soutien aux boursiers pour l’utilisation de protocols.io. Partager et discuter de méthodes scientifiques est essentiel pour parvenir à une recherche expérimentale crédible et reproductible.

Logiciel : Les logiciels, y compris les algorithmes, scripts et autres résultats de recherche basés sur des codes doivent être mis à disposition grâce à des référentiels de codes tels que GitHub et se voir attribuer un identifiant d’objet numérique (DOI). Si l’attribution d’un DOI par le biais du code référentiel se révèle difficile ou impossible,Zenodopourra attribuer un DOI via un code hébergé ailleurs.

Sources de laboratoire : Tous les outils et réactifs financés par l’ASAP ou résultant de projets de l’ASAP doivent être immédiatement mis à la disposition de la communauté scientifique afin d’encourager la reproductibilité et la réalisation d’autres travaux de recherche. Pour toute question sur les référentiels conseillés, veuillez nous contacter par email à :[email protected]. Pour toute aide concernant la référence aux outils des sources labo, veuillez consulter le portail d’identification des sourcesqui rassemble les informations de divers référentiels et fournit des identifiants aux citations dans les publications. Cette prescription s’applique aux lignes cellulaires, aux modèles transgéniques, plasmides/clones, anticorps et autres réactifs.

Toute publication résultant d’une aide totale ou partielle de l’ASAP, aussi bien au cours de la période de financement qu’au terme de celle-ci, doivent indiquer dans les crédits une référence au GP2.

Remerciements

Veuillez inclure le libellé suivant dans la section des remerciements de votre publication :

« Les données utilisées dans la préparation de cet article sont issues du Programme mondial sur la génétique de la maladie de Parkinson (GP2). Le GP2 est financé par l’initiative Aligning Science Against Parkinson’s (ASAP) et mis en œuvre par la Fondation Michael J. Fox pour la recherche sur la maladie de Parkinson (https://gp2.org). Pour obtenir la liste complète des membres du GP2, veuillez consulter https://gp2.org. »

Auteurs

Les chercheurs sont autorisés à utiliser les données du GP2 pour tout projet ou analyses, en conformité avec l’accord sur l’utilisation des données du GP2. Il existe trois types de publications du GP2 :

Publications dirigées par un consortium, axées sur le GP2

1. Sur les documents rédigés par le comité directeur du GP2 ou les groupes de travail essentiellement fondés sur le jeu de données collectif du GP2, tous les membres du GP2 sont considérés comme coauteurs et le nom du consortium est indiqué après celui des principaux auteurs (selon les orientations du journal). Tous les auteurs nommés doivent pouvoir lire, commenter et accepter le document avant qu’il ne soit envoyé. Les auteurs peuvent décider volontairement de ne pas figurer sur la liste d’auteurs et tout coauteur qui ne répondrait pas dans un délai de deux semaines après réception de la demande de commentaires relative à un manuscrit ou qui ne fournirait pas les informations demandées par les journaux peut être retiré de la liste des auteurs figurant dans les remerciements.

Documents incluant les données du GP2 à titre secondaire

1. Dans les analyses qui utilisent les données de génotype individuel de la base de données du GP2 en seconde intention (ex. pour répliquer des résultats ne relevant pas des données du consortium ou du manuscrit sur les gènes/locus), les membres de la première analyse et les groupes de rédaction seront nommés au titre d’auteurs. Les autres auteurs figurent sous le nom du consortium, lequel est inclus dans la liste des auteurs, entre le premier et le dernier auteur. Les auteurs inscrits sur la liste au titre de membre du consortium apparaîtront clairement et seront référencés dans PubMed, une fois le traitement de PubMed achevé. Tous les auteurs mentionnés et figurant dans les notes de bas de page doivent pouvoir, au préalable, voir, commenter et donner leur accord pour l’envoi du document. Seront retirés de la liste d’auteurs, ceux qui le souhaitent ainsi que les coauteurs qui ne répondraient pas dans un délai de deux semaines après réception de la demande de commentaires sur un manuscrit.

Documents externes

1. Il est possible que le nom du consortium n’apparaisse pas pour les publications rédigées par des membres extérieurs au consortium. Pour ces publications, les membres de consortium ne seront pas listés dans PubMed.

Situations exceptionnelles

Les politiques mentionnées ci-dessus devraient couvrir la majorité des utilisateurs de données du GP2. Le GP2 espère que les chercheurs respecteront de bonne foi ces lignes directrices et que les analyses seront majoritairement de grande qualité. Toutefois, le GP2 n’exclut pas qu’il puisse y avoir des circonstances inhabituelles.

Manuscripts laissant à désirer

Si la révision réalisée par le comité directeur du GP2 sur un manuscrit proposé estime qu’il laisse à désirer en termes de libellé, de questionnement scientifique, d’analyse méthodique, de rédaction ou de clarté, le comité directeur du GP2 se réserve le droit d’indiquer aux auteurs qu’il ne pourra pas être publié avant d’être profondément remanié. Si, malgré tout, les auteurs décident de soumettre leur manuscrit, le comité directeur du GP2 peut opter pour trois solutions : 1) demander que la mention du groupe en tant qu’auteur soit retirée ; 2) demander aux auteurs de publier une déclaration indiquant qu’en dépit de l’utilisation de données du GP2, le groupe du GP2 considère que le manuscrit est insuffisant pour autoriser sa publication ; 3) révoquer les droits d’utilisation des données du GP2 à l’avenir.

Manquement à l’accord sur l’utilisation des données du GP2

Si, par inadvertance, les utilisateurs contreviennent à l’accord sur l’utilisation des données du GP2, ils rétabliront sans doute d’eux-même la situation dès qu’ils en prendront connaissance. En cas de manquement délibéré aux accords par les utilisateurs, le GP2 n’aura d’autre choix que de leur ôter l’accès aux données du GP2.

Utilisation frauduleuse des données

Un accès libre qui n’utiliserait que l’enregistrement en ligne ouvrirait la possibilité à certaines personnes d’accéder aux données sous un faux prétexte. Si le comité directeur du GP2 prend connaissance d’une tentative de publication qui aurait obtenu les données du GP2 de façon frauduleuse, l’utilisateur sera sanctionné par une notification du comité directeur du GP2 adressée au chercheur ou au superviseur, aux personnes/comité responsable du contrôle et/ou au conseil d’administration. Dès lors qu’un manquement à l’accord sur l’utilisation des données est porté à la connaissance du comité directeur du GP2, des mesures de correction immédiates seront prise afin d’y faire face. Ces mesures peuvent prendre la forme d’une suspension du droit d’accès aux données pour l’utilisateur ou de l’envoi d’une notification relatant la violation de l’accord à toute personne ou organisation pertinente.

La Fondation Michael J. Fox, l’ASAP et le comité directeur du GP2 se réservent le droit de modifier les termes de l’accord en publiant sur cette page une notification sur les modifications introduites. Toute modification prend effet immédiatement après sa publication (sauf indication contraire). Nous vous invitons à consulter cette page régulièrement pour prendre connaissance des conditions de l’accord en vigueur.