データ・コード配布ワーキンググループ

データとコードの普及ワーキング グループは、意味のあるデータ、分析コード、および結果を共有することでオープン サイエンスを実現するために活動しています。

About the データ・コード配布ワーキンググループ

私達は患者のプライバシーの保護や規制、データセキュリティを確保しながら、有意義なデータ、分析コード、結果の共有を通してオープンサイエンスを実現することを目指しています。

GP2は加速する医学パートナーシップとパートナーを組んでいます:パーキンソン病遺伝子研究プラットフォームであるパーキンソン病研究センター (AMP-PD) が GP2 コホート データを配布します。GP2データはAMP-PDからアクセスし分析することができます。

詳細については、GP2 GitHub をご覧ください。その他のゲノミクスおよび機械学習ツールについては、GenoML をご覧ください。

リーダーと共同リーダーに会う

Bradford Casey、PhD

The Michael J Fox Foundation for Parkinson's Research | New York City、NY、USA

共同リーダー

Mary B Makarious、BSc

National Institutes of Health | USA

参加者に会う

メンバー

Jonggeol Jeff Kim、BA

National Institutes of Health | USA

マイルストーン

完了

  • 既存のプロジェクトを参考にして、コーディングのベストプラクティスとポリシーを確立する
  • 公共プラットフォームでのフィードバックの連絡窓口として機能する定期的なオープンオフィスアワーを実施する

アクティブ

  • 隔月会議を通じてGP2コミュニティと関わり、URMおよび単一遺伝子グループとの連携に重点を置く
  • 一貫性を保つためにデータとコード製品のリリースを調整する
  • GP2内で開発中のツールとブラウザのランドスケープ監視を実施
  • GP2 研究者ネットワーク内での分析パイプラインの共同レビューを通じて、GitHub でのコラボレーションを促進し、コーディング標準を維持します。
  • 内部と外部のGP2データユーザー間のユーザーグループの橋渡し
  • チュートリアル、ドキュメント、ソフトウェアなどのリソースをキュレートして標準化する

開始されていません

  • プロジェクト提案グループを通じてプロジェクト終了時のまとめのプロセスを実装する
  • DCDデータとコードの使用に関するベストプラクティスをまとめた集中型JupyterBookを開発する