データ・コード配布ワーキンググループ
データとコードの普及ワーキング グループは、意味のあるデータ、分析コード、および結果を共有することでオープン サイエンスを実現するために活動しています。
About the データ・コード配布ワーキンググループ
私達は患者のプライバシーの保護や規制、データセキュリティを確保しながら、有意義なデータ、分析コード、結果の共有を通してオープンサイエンスを実現することを目指しています。
GP2は加速する医学パートナーシップとパートナーを組んでいます:パーキンソン病遺伝子研究プラットフォームであるパーキンソン病研究センター (AMP-PD) が GP2 コホート データを配布します。GP2データはAMP-PDからアクセスし分析することができます。
詳細については、GP2 GitHub をご覧ください。その他のゲノミクスおよび機械学習ツールについては、GenoML をご覧ください。
マイルストーン
完了
- 既存のプロジェクトを参考にして、コーディングのベストプラクティスとポリシーを確立する
- 公共プラットフォームでのフィードバックの連絡窓口として機能する定期的なオープンオフィスアワーを実施する
アクティブ
- 隔月会議を通じてGP2コミュニティと関わり、URMおよび単一遺伝子グループとの連携に重点を置く
- 一貫性を保つためにデータとコード製品のリリースを調整する
- GP2内で開発中のツールとブラウザのランドスケープ監視を実施
- GP2 研究者ネットワーク内での分析パイプラインの共同レビューを通じて、GitHub でのコラボレーションを促進し、コーディング標準を維持します。
- 内部と外部のGP2データユーザー間のユーザーグループの橋渡し
- チュートリアル、ドキュメント、ソフトウェアなどのリソースをキュレートして標準化する
開始されていません
- プロジェクト提案グループを通じてプロジェクト終了時のまとめのプロセスを実装する
- DCDデータとコードの使用に関するベストプラクティスをまとめた集中型JupyterBookを開発する