Arbeitsgruppe Data and Code Dissemination (Daten- und Code-Verbreitung)

Die Arbeitsgruppe „Daten- und Code-Verbreitung“ arbeitet daran, offene Wissenschaft durch die Weitergabe aussagekräftiger Daten, analytischer Codes und Ergebnisse zu ermöglichen.

About the Arbeitsgruppe Data and Code Dissemination (Daten- und Code-Verbreitung)

Unser Ziel ist es, Open Science zu ermöglichen, indem wir einerseits relevante Daten, Analysecode und Ergebnisse teilen und anderseits auf Datenschutz, Vorschriften und Datensicherheit achten.

GP2 arbeitet in Partnerschaft mit Accelerating Medicines Partnership: Parkinson-Krankheit (AMP-PD), eine PD-Genetikforschungsplattform, um GP2-Kohortendaten zu verteilen. Der Zugriff und die Analyse von GP2-Daten kann über AMP-PD erfolgen.

Sie können GP2 GitHub besuchen, um mehr zu erfahren. Weitere Tools zur Genomik und zum maschinellen Lernen finden Sie bei GenoML.

Lernen Sie die Leads und Co-Leads kennen

Führen

Bradford Casey, PhD

The Michael J Fox Foundation for Parkinson's Research | New York City, NY, USA

Co-Leitung

Mary B Makarious, BSc

National Institutes of Health | USA

Lernen Sie die Teilnehmer kennen

Mitglied

Jonggeol Jeff Kim, BA

National Institutes of Health | USA

Meilensteine

Vollendet

  • Etablierung der besten Kodierungspraktiken und -richtlinien unter Verwendung vorhandener Projekte als Referenz
  • Führen Sie regelmäßige offene Sprechstunden ein, um als Anlaufstelle für Feedback auf öffentlichen Plattformen zu dienen

Aktiv

  • Engagieren Sie die GP2-Community durch zweimonatliche Treffen und legen Sie dabei den Schwerpunkt auf die Zusammenarbeit mit URM und monogenen Gruppen.
  • Koordinieren Sie die Veröffentlichung von Daten- und Codeprodukten, um Konsistenz zu gewährleisten
  • Führen Sie eine Landschaftsüberwachung für Tools und Browser durch, die innerhalb von GP2 entwickelt werden.
  • Fördern Sie die Zusammenarbeit auf GitHub und halten Sie Kodierungsstandards durch die gemeinsame Überprüfung analytischer Pipelines innerhalb des GP2-Forschernetzwerks aufrecht.
  • Überbrückung von Benutzergruppen zwischen internen und externen GP2-Datenbenutzern
  • Kuratieren und standardisieren Sie Ressourcen wie Tutorials, Dokumentation und Software

Nicht gestartet

  • Implementieren Sie Prozesse für Projektabschlussarbeiten über die Projektvorschlagsgruppe
  • Entwickeln Sie ein zentrales JupyterBook mit Best Practices für die Verwendung von DCD-Daten und -Code.