Übersicht
Im Juli 2025 kündigte GP2 die 10. Datenfreigabe in Kooperation mit AMP® PD auf der Terra-Plattform und der Verily®-Workbench an. Diese Freigabe umfasst 11.109 zusätzliche genotypisierte Teilnehmende und 13.339 zusätzliche WGS-Teilnehmende.
- Die Genotyp-Array-Daten (NBA), einschließlich Proben mit lokalen Einschränkungen, umfassen nun insgesamt 82.944 genotypisierte Teilnehmende (36.939 mit Parkinson-Erkrankung, 19.821 Kontrollpersonen und 26.184 „sonstige“ Phänotypen).
- Abzüglich der Proben mit lokalen Einschränkungen beträgt die Zahl nun 65.303 (28.586 mit Parkinson-Erkrankung, 15.258 Kontrollpersonen und 21.459 „sonstige“ Phänotypen).
- Die WGS-Daten umfassen nun insgesamt 21.073 sequenzierte Teilnehmende (8.134 mit Parkinson-Erkrankung, 3.531 Kontrollpersonen und 9.408 „sonstige“ Phänotypen).
- Abzüglich der Proben mit lokalen Einschränkungen beträgt die Zahl nun 16.608 (6.801 mit Parkinson-Erkrankung, 3.244 Kontrollpersonen und 6.563 „sonstige“ Phänotypen).
- Anmerkung: Über das Monogenic Network rekrutierte Fälle werden als „sonstige“ kodiert.
- Die klinischen Exom-Daten bestehen nun aus 10.454 Proben mit Parkinson-Erkrankung (8. Freigabe).
- Von den 92.021 einzigartigen Proben mit genetischen Daten (NBA, WGS oder klinische Exom-Daten) haben 26.982 Personen auch zusätzliche erweiterte klinische Informationen.
Was ist in dieser Freigabe neu?
Erweiterung der genomischen Daten Mit dieser Freigabe wird die Zahl der Teilnehmenden mit verfügbaren genetischen Daten erheblich erweitert. Folgendes wurde hinzugefügt:
- 11.109 neue Teilnehmende mit Genotyp-Array-Daten (NBA)
- 13.339 neue Teilnehmende mit WGS-Daten (Gesamtgenom-Sequenzierung)
- 12.311 neue Teilnehmende mit erweiterten klinischen Daten
- Eine Familiendatei (und ein entsprechendes Datenverzeichnis) mit Schätzwerten betreffend die paarweisen Verwandtschaftsbeziehungen zwischen Einzelpersonen innerhalb von Familien. Dies beinhaltet sowohl abgeleitete Beziehungen (mit Verwandtschaftskoeffizienten) als auch berichtete Beziehungen.
Einbeziehung der PAR-Region in die Imputation Wir haben die pseudoautosomale (PAR) Region in die Imputation der Genotyp-Array-Daten wieder aufgenommen, um die Abdeckung und Interpretation der Geschlechtschromosom-Variation zu verbessern. Durch diese Verbesserung wollen wir die genomische Abdeckung und Analysegenauigkeit verbessern. Joint-Calling beinhaltet nun auch AMP® PD-Kohorten
- Die per Joint-Calling umgesetzten WGS-Variantensätze beinhalten nun auch Proben aus den folgenden fünf AMP® Parkinson-Kohorten: BioFind, PPMI, LCC, STEADY-PD3 und SURE-PD3.
- Eine Verarbeitung dieser Proben gemeinsam mit GP2 statt einer unabhängigen Verarbeitung minimiert Fehlstellen und Artefakte und verbessert die Genauigkeit des Genotyps.
- Wir haben dem Master-Key eine Spalte hinzugefügt, die anzeigt, welche GP2-Proben auch im AMP-PD-Datensatz enthalten sind.
Gezielte Imputation von rs3115534 in verschiedenen Abstammungsgruppen Es besteht ein großes gemeinschaftliches Interesse an der intronischen Variante rs3115534, die mit einem erhöhten Risiko einhergeht, an Parkinson und an REM-Schlaf-Verhaltensstörungen zu erkranken, und die auch funktionell validiert ist. Aus diesem Grund haben wir nun eine gezielte Imputationsstrategie implementiert, um sicherzustellen, dass diese Variante in den freigegebenen Datensätzen enthalten ist.
- Insbesondere wurde Chromosom 1 für fünf Abstammungsgruppen (AFR, AAC, AMR, MDE und CAH) unter Verwendung des Referenzpanels des 1000-Genome-Projekts Phase 3 insgesamt 30x mit hoher Abdeckung imputiert.
- Im Anschluss an die Imputation wurden die Daten für rs3115534 wieder in die TOPMed-basierten imputierten Dateien, die mit GP2-Freigaben zur Verfügung gestellt werden, zurückgeführt. Bitte beachten Sie, dass die Imputationsmetriken für diese Variante die Qualitätsschwellen (R² < 0,3) in anderen Abstammungsgruppen nicht erreicht haben.
| rs3115534 — 10. Freigabe Imputationsmetriken unter Verwendung des Panels des 1000-Genome-Projekts Phase 3 30x | |||||
| Population | Status | AF | MAF | AVG_CS | R2 |
| AFR | IMPUTIERT | 0,761049 | 0,238951 | 0,992879 | 0,968831 |
| AAC | IMPUTIERT | 0,855586 | 0,144414 | 0,993458 | 0,959606 |
| AMR | IMPUTIERT | 0,983414 | 0,0165855 | 0,991453 | 0,507857 |
| MDE | IMPUTIERT | 0,980407 | 0,0195926 | 0,990912 | 0,584081 |
| CAH | IMPUTIERT | 0,93793 | 0,0620703 | 0,993982 | 0,909959 |
Neue zusammenfassende Statistiken jetzt verfügbar Wir haben verschiedene neue Datensätze zu den zusammenfassenden Statistiken der GWAS zur Verfügung gestellt und somit die globale Repräsentation erweitert:
- Europäische (EUR) Meta-GWAS von GP2 (Preprint; GitHub)
- Südafrikanische GWAS (Preprint ausstehend; GitHub)
- Indische GWAS (Preprint; GitHub)
- RBD (REM-Schlafverhaltensstörung) GWAS (Preprint ausstehend; GitHub ausstehend)
- LARGE-PD GWAS, einschließlich lateinamerikanische Teilnehmende (Preprint ausstehend; GitHub ausstehend)
Klinische Daten Diese Freigabe enthält klinische Daten von insgesamt92.021 Personen, für die genetische und klinische Kerndaten verfügbar sind. Für 26.982 von diesen Personen stehen tiefe klinische Phänotypisierungsdaten zur Verfügung. Diese Informationen umfassen:
- Alter bei Diagnose und Ausbruch
- Primäre, aktuelle und letzte Diagnose
- Kognitive Tests wie der Mini-Mental Status-Test (MMST) und der Montreal-Cognitive-Assessment-Test (MoCa)
- Von der Movement Disorder Society gesponserte Überarbeitung der Unified Parkinson’s Disease Rating Scale (MDS-UPDRS)
- Detaillierte „sonstige“ Phänotypen wie etwa Lewy-Körper-Demenz (LBD)
Individuen-spezifische Daten Wir erfassen nun die Daten von insgesamt 124 Kohorten. Weitere Informationen zu den bereitgestellten Kohorten finden Sie im GP2 Cohort Dashboard. Die genetisch determinierte Abstammung von Array-genotypisierten GP2-Teilnehmenden wird in 11 Abstammungsgruppen gegliedert; die Tabellen unten geben Aufschluss über die genetisch determinierte Abstammung der Teilnehmenden in dieser Freigabe, die die Qualitätskontrolle für Array-Daten und Gesamtgenom-Sequenzierungsdaten durchlaufen haben. Diese Zahlen spiegeln Proben aus früheren Freigaben wider, die unter Verwendung der aktualisierten Clusterdatei neu geclustert und einer Qualitätskontrolle unterzogen wurden, sowie neu genotypisierte Proben, die ausschließlich in dieser Freigabe enthalten sind. Die letzte Tabelle gibt Aufschluss über die genetisch determinierte Abstammung ausgewählter sonstiger Phänotypen ohne Parkinson.
| Array-genotypisierte Daten — 10. Freigabe von GP2 | ||||
| Abstammung | Gesamt (+VWB) | PD (+VWB) | Kontrollpersonen (+VWB) | Sonstige (+VWB) |
| Afrikanisch | 3.754 (3.780) | 1.181 (1191) | 2.305 (2.307) | 268 (282) |
| Afrikanisch mit Beimischung | 1.192 (1.215) | 361 (370) | 760 (763) | 71 (82) |
| Aschkenasisch-jüdisch | 3.265 (3.472) | 1.482 (1.531) | 408 (435) | 1.375 (1.506) |
| Lateinamerikanische und indigene Personen aus Nord- und Südamerika | 3.564 (3.608) | 1.974 (1.995) | 1.433 (1.439) | 157 (174) |
| Ostasiatisch | 6.619 (6.662) | 2.393 (2.411) | 2.697 (2.705) | 1.529 (1.546) |
| Europäisch | 41.901 (58.823) | 18.703 (26.778) | 5.899 (10.372) | 17.299 (21.673) |
| Südasiatisch | 801 (945) | 270 (317) | 260 (269) | 271 (359) |
| Zentralasiatisch | 1.670 (1.691) | 776 (782) | 624 (626) | 270 (283) |
| Naher Osten | 1.349 (1.493) | 675 (752) | 535 (559) | 139 (182) |
| Finnisch | 116 (144) | 87 (106) | 8 (12) | 21 (26) |
| Komplexe Beimischung | 1.072 (1.111) | 684 (706) | 329 (334) | 59 (71) |
| Gesamt | 65.303 (82.944) | 28.586 (36.939) | 15.258 (19.821) | 21.459 (26.184) |
| Gesamtgenom-Sequenzierungsdaten — 10. Freigabe von GP2 | ||||
| Abstammung | Gesamt (+VWB) | PD (+VWB) | Kontrollpersonen (+VWB) | Sonstige (+VWB) |
| Afrikanisch | 1.671 (1.696) | 646 (656) | 848 (853) | 177 (187) |
| Afrikanisch mit Beimischung | 254 (267) | 126 (130) | 113 (114) | 15 (23) |
| Aschkenasisch-jüdisch | 1.389 (1.485) | 337 (355) | 100 (106) | 952 (1.024) |
| Lateinamerikanische und indigene Personen aus Nord- und Südamerika | 301 (333) | 154 (171) | 24 (24) | 123 (138) |
| Ostasiatisch | 2.525 (2.542) | 576 (582) | 343 (343) | 1.606 (1.617) |
| Europäisch | 8.354 (12.461) | 4.155 (5.389) | 1.131 (1.397) | 3.068 (5.675) |
| Südasiatisch | 309 (417) | 47 (73) | 10 (16) | 252 (328) |
| Zentralasiatisch | 833 (840) | 259 (261) | 329 (330) | 245 (249) |
| Naher Osten | 788 (824) | 386 (394) | 308 (309) | 94 (121) |
| Finnisch | 22 (30) | 17 (20) | 4 (4) | 1(6) |
| Komplexe Beimischung | 162 (178) | 98 (103) | 34 (35) | 30 (40) |
| Gesamt | 16.608 (21.073) | 6.801 (8.134) | 3.244 (3.531) | 6.563 (9.408) |
| „Sonstige“ Phänotypen — 10. Freigabe von GP2 (auf der VWB) | |||||||
| Abstammung | Prodromal NBA/WGS | PSP NBA/ WGS | AD NBA/WGS | DLB NBA/ WGS | MSA NBA/ WGS | CBD/CBS NBA/WGS | FTD NBA/WGS |
| Afrikanisch | 16/7 | 6/4 | 0/0 | 2/0 | 7/4 | 1/0 | 0/0 |
| Afrikanisch mit Beimischung | 23/7 | 4/2 | 1/0 | 0/0 | 2/0 | 1/0 | 0/0 |
| Aschkenasisch-jüdisch | 308/71 | 23/12 | 9/0 | 14/6 | 8/3 | 4/3 | 2/1 |
| Lateinamerikanische und indigene Personen aus Nord- und Südamerika | 30/11 | 5/0 | 5/0 | 2/0 | 2/0 | 1/0 | 0/0 |
| Ostasiatisch | 27/4 | 14/63 | 4/4 | 18/0 | 6/178 | 2/32 | 0/0 |
| Europäisch | 4206/848 | 1307/ 920 | 484/136 | 442/340 | 421/ 334 | 166/159 | 65/63 |
| Südasiatisch | 3/2 | 34/32 | 1/0 | 5/1 | 5/8 | 9/9 | 2/2 |
| Zentralasiatisch | 4/4 | 4/1 | 70/72 | 4/1 | 1/0 | 4/1 | 0/0 |
| Naher Osten | 14/1 | 9/4 | 2/2 | 1/0 | 0/0 | 1/1 | 1/1 |
| Finnisch | 9/0 | 2/1 | 2/0 | 0/0 | 1/1 | 0/0 | 1/0 |
| Komplexe Beimischung | 9/2 | 7/5 | 5/4 | 3/1 | 1/0 | 0/0 | 1/1 |
| Gesamt | 4649/957 | 1415/ 1044 | 583/218 | 491/349 | 454/ 528 | 189/205 | 72/68 |
| Überblick über klinische Daten — 10. Freigabe von GP2 (auf der VWB) | ||
| Klinische Daten | N, Eindeutige IDs | N, IDs mit Follow-up |
| Alter bei Probensammlung | 71.747 | – |
| Alter bei Ausbruch | 38.718 | – |
| Alter bei Diagnose | 31.667 | – |
| Grundlegende Familienanamnese | 92.021 | – |
| Demografische Angaben | 26.701 | – |
| Hoehn & Yahr Stadium | 11.486 | 5.515 |
| UPDRS Teil 1 Score | 2.359 | 1,057 |
| UPDRS Teil 2 Score | 2.338 | 1.049 |
| UPDRS Teil 3 Score | 3.606 | 1.084 |
| UPDRS Teil 4 Score | 1.739 | 1.090 |
| MDS UPDRS Teil 1 Score | 5.168 | 2.802 |
| MDS UPDRS Teil 2 Score | 5.242 | 2.854 |
| MDS UPDRS Teil 3 Score | 7.532 | 2.870 |
| MDS UPDRS Teil 4 Score | 2.479 | 1.016 |
| MOCA | 9.500 | 2.753 |
| MMST | 1.954 | – |
| RBD Score | 3.986 | 3.290 |
| Schädel-Hirn-Trauma | 5.495 | 3.747 |
| Lebenswichtige Organe | 5.895 | 4.035 |
| Geruchssinn | 5.200 | 1.466 |
Datenzugang
DSGVO-Proben mit lokalen Einschränkungen über die Verily Viewpoint Workbench Wir stellen über unsere Zusammenarbeit mit der Verily Viewpoint Workbench weiterhin einen Pilotzugang zu lokal begrenzten Proben bereit, d. h. Proben, die der Datenschutzgrundverordnung (DSGVO) unterliegen. Während GP2 weiter an Lösungen für den Austausch DSGVO-geschützter Daten arbeitet, sind die Daten mit regionalen Einschränkungen der 10. Freigabe nur für Mitglieder des GP2-Forschungsverbunds sowie Partner verfügbar. Im Zuge der weiteren Test- und Implementierungsphase im Jahr 2025 wird diese Lösung dann der breiteren Forschungsgemeinschaft zur Verfügung gestellt. Sämtliche Proben der 10. Freigabe sind auf der Workbench zu finden, während alle Proben der 10. Freigabe, die nicht den DSGVO-Anforderungen unterliegen, auf der Community Workbench auf Terra zu finden sind (so wie bei allen vorherigen Freigaben). Wenn Sie Zugang zur gesamten Freigabe auf der VWB erhalten möchten, müssen Sie:
- über einen bewilligten GP2-Tier-2-Zugang verfügen,
- das Antragsformular für DSGVO-Proben ausfüllen,
- Mitglied des GP2-Forschungsverbunds sein (beitragende Kohorte, GP2-Partner oder Projektanalyse-Teammitglied)
Durch zukünftige Datenfreigaben wird sich die Vielfalt der verfügbaren Teilnehmenden weiter erhöhen. Auf unserem Dashboard können Sie sich über den Fortschritt unserer Arbeiten informieren. Wenn Sie bereits über einen Tier-2-Zugang verfügen, können Sie die Daten in unserem Cohort Browser ansehen, der bereits in einem früheren Blogbeitrag vorgestellt wurde. Wie immer finden Sie weitere Details zu den Themen Qualitätskontrolle, Pipelines, Daten und Analysen in der README-Datei zur jeweiligen GP2-Freigabe!
