{"id":50012049,"date":"2023-08-16T23:52:11","date_gmt":"2023-08-17T03:52:11","guid":{"rendered":"https:\/\/gp2stg.wpenginepowered.com\/zoom-presentation-de-notre-nouvelle-application-le-navigateur-de-recherche-de-cohortes-du-gp2\/"},"modified":"2024-10-21T15:38:54","modified_gmt":"2024-10-21T19:38:54","slug":"zoom-presentation-de-notre-nouvelle-application-le-navigateur-de-recherche-de-cohortes-du-gp2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/gp2.org\/fr\/zoom-presentation-de-notre-nouvelle-application-le-navigateur-de-recherche-de-cohortes-du-gp2\/","title":{"rendered":"Zoom: Pr\u00e9sentation de notre nouvelle application, le navigateur de recherche de cohortes du GP2"},"content":{"rendered":"

L\u2019objectif du GP2 est de multiplier exponentiellement les connaissances relatives aux bases g\u00e9n\u00e9tiques de la maladie de Parkinson et de partager ces connaissances au niveau mondial. Pour y parvenir, nous avons constitu\u00e9 une communaut\u00e9 de chercheurs dans le monde entier et l\u2019avons dot\u00e9e des outils et de l\u2019infrastructure n\u00e9cessaires pour leur permettre de r\u00e9pondre aux besoins \u00e9mergents et aux interrogations de la recherche. Nous annon\u00e7ons ici le lancement de notre nouvelle application : le navigateur de recherche des cohortes du GP2. Cet outil r\u00e9volutionnaire offre une plateforme immersive et interactive qui permet \u00e0 ceux qui contribuent aux cohortes et aux chercheurs de se plonger dans le foisonnement des donn\u00e9es g\u00e9nomiques d\u2019une fa\u00e7on efficace et conviviale. Le navigateur de recherche de cohortes a \u00e9t\u00e9 d\u00e9velopp\u00e9 dans le but de faire de l\u2019exploitation des donn\u00e9es un exercice exhaustif et fluide pour ceux qui utilisent le niveau individuel de donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9tiques du GP2. <\/span>Pour avoir acc\u00e8s aux diff\u00e9rentes s\u00e9ries de donn\u00e9es et utiliser notre outil, vous devez obtenir l\u2019accord de niveau 2 permettant l\u2019utilisation des donn\u00e9es du GP2. <\/b>Vous pouvez en faire la demande ici :<\/span>https:\/\/amp-pd.org\/register-for-amp-pd<\/span><\/a>. Pour d\u2019autres informations sur l\u2019obtention de cette autorisation, cliquez <\/span>ici<\/span><\/a>.\u00a0<\/span><\/p>\n

Ci-dessous, un aper\u00e7u de ce nouvel outil que vous pourrez utiliser d\u00e8s que vous aurez obtenu l\u2019autorisation d\u2019utilisation des donn\u00e9es !\u00a0<\/span><\/p>\n

Pour acc\u00e9der au navigateur, cliquez ici : <\/span>https:\/\/gp2-cohort-browser-dot-gp2-release-terra.uc.r.appspot.com\/<\/span><\/a> \u00a0 \"\"<\/p>\n

Page\u00a0d\u2019accueil<\/strong><\/h3>\n

La page d\u2019accueil est le premier pas pour avoir une vue d\u2019ensemble de ce que cette l\u2019application internet peut offrir. Elle pr\u00e9sente le type d\u2019information que vous pourrez explorer et propose un aper\u00e7u de ce que vous pouvez en attendre, tant en mati\u00e8re de contr\u00f4le de qualit\u00e9 que de ventilation par lign\u00e9e d\u2019ascendance.<\/span> \"\"<\/p>\n

Classement complet des m\u00e9tadonn\u00e9es<\/strong><\/h3>\n

Gr\u00e2ce \u00e0 cette application, les chercheurs ont acc\u00e8s au classement complet des m\u00e9tadonn\u00e9es, assorti des histogrammes. Cela permet une recherche d\u00e9taill\u00e9e de la d\u00e9mographie des cohortes tels que l\u2019\u00e2ge, le sexe et le ph\u00e9notype. Les utilisateurs peuvent s\u00e9lectionner la cohorte qu\u2019ils veulent \u00e9tudier<\/span> \"\"<\/p>\n

Contr\u00f4le de qualit\u00e9\u00a0<\/strong><\/h3>\n

L\u2019un des principaux param\u00e8tres de ce navigateur de cohortes est la rigueur accord\u00e9e au contr\u00f4le de qualit\u00e9 (CQ). Le navigateur permet de comprendre les proc\u00e9dures appliqu\u00e9es en mati\u00e8re de CQ, notamment concernant les filtres d\u2019\u00e9chantillon et de variant. De plus, vous avez \u00e9galement acc\u00e8s dans le menu d\u00e9roulant aux dispositions concernant le contr\u00f4le de qualit\u00e9, telles que les mises \u00e0 jour. Le graphique en entonnoir permet de visualiser la proc\u00e9dure de contr\u00f4le \u00e0 chaque \u00e9tape pour mieux comprendre vos donn\u00e9es.<\/span> \"\"<\/p>\n

Analyse de l\u2019ascendance<\/strong><\/h3>\n

Le navigateur de cohorte du GP2 est \u00e9quip\u00e9 d\u2019une analyse en composantes principales (ACP) en 3D dynamique qui permet une exploration interactive de l\u2019ascendance g\u00e9n\u00e9tique. Le graphique comprend des panels de r\u00e9f\u00e9rence et vous laisse s\u00e9lectionner les param\u00e8tres par g\u00e9n\u00e9alogie pr\u00e9dictive. Sous le graphique se trouve un tableau de g\u00e9n\u00e9alogie pr\u00e9dictive ainsi qu\u2019une comparaison en diagramme circulaire pour mieux comprendre la r\u00e9partition. L\u2019application affiche \u00e9galement des indicateurs de performance de mod\u00e8le tels que la matrice de confusion, le degr\u00e9 de pr\u00e9cision et les scores F1.<\/span><\/p>\n

Dans la prochaine version du navigateur (attendue \u00e0 l\u2019automne 2023) est pr\u00e9vu l\u2019\u00e9largissement des param\u00e8tres de m\u00e9tissage dans le panel de r\u00e9f\u00e9rence, pour mettre l\u2019accent sur les populations m\u00e9tiss\u00e9es telles que les am\u00e9rindiens\/latinos et les peuples du Moyen-Orient et d\u2019Asie centrale.<\/span> \"\"<\/p>\n

Indicateurs SNP<\/strong><\/h3>\n

Dans la version la plus r\u00e9cente du navigateur, les chercheurs peuvent explorer les param\u00e8tres de polymorphismes nucl\u00e9otidiques uniques (SNP), apr\u00e8s avoir s\u00e9lectionn\u00e9 le type d\u2019ascendance voulue. Les utilisateurs peuvent lancer une recherche \u00e0 partir des groupes sanguins par rsID (identification rapide des groupes sanguins) ou position (in hg38). Cette section propose \u00e9galement un score Gen Train et la r\u00e9partition de fr\u00e9quence des all\u00e8les pour les groupes t\u00e9moins et les groupes de contr\u00f4le.\u00a0<\/span><\/p>\n

Dans les prochaines versions,on \u00e9largira l\u2019acc\u00e8s aux groupes de pr\u00e9visibilit\u00e9 pour les variants de basse r\u00e9solution gr\u00e2ce \u00e0 notre approche personnalis\u00e9e de l\u2019apprentissage machine.<\/span> \"\"<\/p>\n

Variants rares<\/strong><\/h3>\n

Le navigateur de cohortes du GP2 dispose \u00e9galement d\u2019une section d\u00e9di\u00e9e pour explorer les variants rares. Cela inclut les informations fournies par le r\u00e9seau monog\u00e9nique du GP2 o\u00f9 les g\u00e8nes connus de la maladie de Parkinson peuvent \u00eatre s\u00e9lectionn\u00e9s pour en approfondir l\u2019\u00e9tude. Dans la barre lat\u00e9rale, les utilisateurs peuvent s\u00e9lectionner une recherche de g\u00e8nes sp\u00e9cifiques, tandis que le tableau fournit les donn\u00e9es exhaustives concernant tous les autres aspects.<\/span> \"\"<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Consid\u00e9rations finales<\/strong><\/h3>\n

Nous esp\u00e9rons sinc\u00e8rement que, comme membre du GP2, vous utiliserez le navigateur de cohortes du GP2 comme un outil vous permettant de mieux comprendre les donn\u00e9es disponibles et de produire des chiffres sommaires pour les documents et posters.\u00a0<\/span><\/p>\n

Le navigateur de cohortes du GP2, qui est coh\u00e9rent d\u2019une version \u00e0 l\u2019autre et d\u2019une cohorte \u00e0 l\u2019autre, repr\u00e9sente un vrai progr\u00e8s dans la transparence et l\u2019accessibilit\u00e9 \u00e0 chaque \u00e9tape du contr\u00f4le de qualit\u00e9 au sein du GP2. Nous remercions les cohortes du monde entier qui ont fait don de leurs donn\u00e9es pour alimenter et concr\u00e9tiser les efforts du GP2.\u00a0<\/span><\/p>\n

Pour toute demande de renseignement ou d\u2019assistance, veuillez contacter le groupe de travail sur l\u2019analyse des donn\u00e9es <\/span>dawg@gp2.org<\/span><\/a>.<\/span><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

La plateforme en nuage Terra permet de lancer des analyses directement sur le nuage et n\u2019oblige plus le t\u00e9l\u00e9chargement des donn\u00e9es du GP2 sur votre ordinateur. Ce blog est une introduction \u00e0 l’analyse des donn\u00e9es GP2 sur cette plateforme en utilisant les espaces de travail et les blocs-notes.<\/p>\n","protected":false},"author":0,"featured_media":50025001,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":"","_links_to":"","_links_to_target":""},"class_list":["post-50012049","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","post-type-blog-fr","post-type-genetique-des-maladies-complexes"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50012049","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=50012049"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50012049\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media\/50025001"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=50012049"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}