{"id":50011944,"date":"2022-09-02T16:07:11","date_gmt":"2022-09-02T20:07:11","guid":{"rendered":"https:\/\/gp2stg.wpenginepowered.com\/presentation-de-lutilisation-des-espaces-de-travail-et-des-donnees-du-gp2\/"},"modified":"2024-10-21T15:19:31","modified_gmt":"2024-10-21T19:19:31","slug":"presentation-de-lutilisation-des-espaces-de-travail-et-des-donnees-du-gp2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/gp2.org\/fr\/presentation-de-lutilisation-des-espaces-de-travail-et-des-donnees-du-gp2\/","title":{"rendered":"Pr\u00e9sentation de l\u2019utilisation des espaces de travail et des donn\u00e9es du GP2"},"content":{"rendered":"

Les donn\u00e9es issues du Programme mondial sur la g\u00e9n\u00e9tique de la maladie de Parkinson (GP2) et du Partenariat pour l\u2019acc\u00e9l\u00e9ration des traitements contre la maladie de Parkinson (AMP\u00ae<\/sup> PD) sont h\u00e9berg\u00e9es sur Terra<\/strong><\/a>, une plateforme en nuage consacr\u00e9e \u00e0 la bioinformatique d\u00e9velopp\u00e9e par le Broad Institute avec le concours de Microsoft et Verily. Terra permet d\u2019effectuer des analyses directement sur le nuage et \u00e9limine le besoin de t\u00e9l\u00e9charger les donn\u00e9es sur votre ordinateur. Cela nous permet d’adh\u00e9rer \u00e0 des normes \u00e9lev\u00e9es de protection des donn\u00e9es et de confidentialit\u00e9 et favorise la science ouverte et la reproductibilit\u00e9 gr\u00e2ce \u00e0 un code et des r\u00e9sultats structur\u00e9s et partageables. Terra prend en charge deux types d\u2019analyse : Bloc-notes Jupyter et flux de travail WDL. Les blocs-notes sont des documents compos\u00e9s de cellules contenant des extraits de code qui vous permettent d’ex\u00e9cuter une analyse de mani\u00e8re s\u00e9quentielle. Les blocs-notes sont compatibles avec un certain nombre de langages, dont Python, et sont utiles pour toute une s\u00e9rie d’analyses, ainsi que pour les visualisations et la documentation. Il se peut que vous ayez besoin d’une plus grande puissance de calcul ou d’une plus longue dur\u00e9e d’ex\u00e9cution pour vos analyses qu’un ordinateur portable ne peut fournir. Dans ce cas, vous pouvez utiliser un flux de travail Terra. Ils sont construits \u00e0 l’aide du langage WDL et sont propos\u00e9s comme des travaux par lots sur n’importe quel serveur en nuage. Les flux de travail sont utiles pour les analyses \u00e0 haute puissance telles que l’alignement et les GWAS avec des \u00e9chantillons \u00e0 grand effectif.<\/p>\n

Exemple de structure de bloc-notes<\/h3>\n

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Exemple de structure de WDL<\/h3>\n

\"\" Avec l\u2019acc\u00e8s au donn\u00e9es du GP2, vous avez aussi acc\u00e8s aux espaces de travail Terra officiels du GP2. Les espaces de travail de niveau 1 et de niveau 2 contiennent le fichier README de la version la plus r\u00e9cente des donn\u00e9es GP2. Nous vous recommandons vivement de lire ces informations car elles fournissent des explications pour tous les fichiers pr\u00e9sents dans chaque version. Consultez r\u00e9guli\u00e8rement ces espaces de travail, car d’autres ressources de code, blocs-notes et flux de travail li\u00e9s aux donn\u00e9es GP2 y seront h\u00e9berg\u00e9s au fur et \u00e0 mesure qu\u2019ils sont d\u00e9velopp\u00e9s. \"\" Pour commencer, vous devez soumettre un concept de projet au GP2 pour examen. Une fois que la demande est accept\u00e9e, votre institution mettra en place un projet de facturation et un espace de travail, ou GP2 le fera pour vous en votre nom. D\u00e8s que l\u2019espace de travail est pr\u00eat, vous pouvez cr\u00e9er un bloc-notes pour vos travaux d\u2019analyses. Pour ex\u00e9cuter un bloc-notes, vous devez cr\u00e9er un environnement en nuage. Vous pouvez personnaliser votre environnement en nuage en fonction de vos besoins, mais si vous pr\u00e9voyez d’utiliser toutes les donn\u00e9es GP2 relatives aux maladies complexes actuellement disponibles, veillez \u00e0 demander au moins 100 Go d’espace disque permanent afin de disposer de l’espace n\u00e9cessaire pour travailler avec les 82 Go de donn\u00e9es, \u00e0 partir de la version 2.0. Vous pouvez tester les diff\u00e9rentes options pour trouver ce qui vous convient le mieux, mais n’oubliez pas que plus de ressources sont associ\u00e9es \u00e0 des co\u00fbts plus \u00e9lev\u00e9s.<\/p>\n

Exemple d\u2019environnement en nuage<\/h3>\n

\"\" Une fois que votre environnement en nuage est op\u00e9rationnel et qu’un bloc-notes a \u00e9t\u00e9 configur\u00e9, vous \u00eates pr\u00eat \u00e0 lancer votre analyse. Pour configurer votre bloc-notes, vous pouvez tirer parti de certains paquets et variables utiles fournis ci-dessous et sur les espaces de travail officiels du GP2.<\/p>\n

Paquets utiles<\/h3>\n

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Configuration de l’environnement\"\"<\/h3>\n

Pour consulter les donn\u00e9es disponibles et les transf\u00e9rer du cloud vers votre espace de travail, vous utiliserez le jeu d’outils gsutil. Par exemple, pour r\u00e9pertorier les donn\u00e9es disponibles dans le panier gp2tier2, vous pouvez utiliser une commande comme : \"\" Celle-ci r\u00e9pertorie tous les fichiers disponibles dans le dossier de la version 2 : \"\" Vous pouvez modifier les chemins d’acc\u00e8s pour consulter chaque r\u00e9pertoire comme, par exemple, un chemin d’acc\u00e8s modifi\u00e9 comme suit : \"\" Ici, vous trouverez les dossiers pour les donn\u00e9es de g\u00e9notype imput\u00e9es, s\u00e9par\u00e9es par l’ascendance suppos\u00e9e : \"\" Une fois que vous avez choisi les fichiers dont vous avez besoin, vous pouvez les copier dans votre espace de travail comme ceci : Tout d’abord, cr\u00e9ez un r\u00e9pertoire pour y copier les fichiers. \"\" Puis, copiez-les dans votre nouveau r\u00e9pertoire. Dans cet exemple, nous copions les statistiques r\u00e9capitulatives sur la MP de Nalls et al. 2019 sans les donn\u00e9es 23andMe. \"\"V\u00e9rifiez que tout a \u00e9t\u00e9 copi\u00e9 correctement en consultant le fichier comme suit : \"\"\"\" Vos donn\u00e9es peuvent \u00eatre analys\u00e9es.<\/p>\n

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Ceci n\u2019est qu\u2019un exemple succinct de l’utilisation des espaces de travail et des blocs-notes avec les donn\u00e9es GP2. Pour un tutoriel d\u00e9taill\u00e9s sur Terra, veuillez consulter le syst\u00e8me de gestion de l’apprentissage du GP2 <\/strong><\/a>\u00a0et suivre le \u00ab Cours Course 1 \u00bb : Utilisation de Terra pour acc\u00e9der aux donn\u00e9es et effectuer des analyses<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

La plateforme en nuage Terra permet d\u2019effectuer des analyses directement sur le nuage et \u00e9limine le besoin de t\u00e9l\u00e9charger les donn\u00e9es du GP2 sur votre ordinateur. Ce blog est une introduction \u00e0 l’analyse des donn\u00e9es GP2 sur cette plateforme en utilisant les espaces de travail et les blocs-notes.<\/p>\n","protected":false},"author":0,"featured_media":50008478,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":"","_links_to":"","_links_to_target":""},"class_list":["post-50011944","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","post-type-collaboration-en-matiere-de-recherche","post-type-genetique-des-maladies-complexes","post-type-operations-de-recherche","topic-research-collaboration-5"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50011944","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=50011944"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50011944\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media\/50008478"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=50011944"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}