{"id":50011941,"date":"2022-09-02T16:07:11","date_gmt":"2022-09-02T20:07:11","guid":{"rendered":"https:\/\/gp2stg.wpenginepowered.com\/introduccion-sobre-los-espacios-de-trabajo-y-sobre-como-usar-los-datos-del-gp2\/"},"modified":"2024-10-21T15:18:05","modified_gmt":"2024-10-21T19:18:05","slug":"introduccion-sobre-los-espacios-de-trabajo-y-sobre-como-usar-los-datos-del-gp2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/gp2.org\/es\/introduccion-sobre-los-espacios-de-trabajo-y-sobre-como-usar-los-datos-del-gp2\/","title":{"rendered":"Introducci\u00f3n sobre los espacios de trabajo y sobre c\u00f3mo usar los datos del GP2"},"content":{"rendered":"

Los datos generados tanto por el Global Parkinson\u2019s Genetics Program (GP2) como por Accelerating Medicines Partnership in Parkinson\u2019s Disease (AMP\u00ae<\/sup> PD) est\u00e1n alojados en Terra<\/strong><\/a>, una plataforma de bioinform\u00e1tica en la nube desarrollada por el Broad Institute en colaboraci\u00f3n con Microsoft y Verily. Terra permite hacer an\u00e1lisis directamente en la nube, sin necesidad de descargar los datos en la computadora. Gracias a este sistema, podemos acogernos a altos est\u00e1ndares de protecci\u00f3n de datos y privacidad, y apostar por la ciencia abierta y la reproducibilidad mediante c\u00f3digos y resultados estructurados y f\u00e1ciles de compartir. Terra admite dos tipos de an\u00e1lisis: Jupyter Notebooks y flujos de trabajo WDL. Los Jupyter Notebooks son documentos divididos en celdas que contienen fragmentos de c\u00f3digo y que permiten ejecutar an\u00e1lisis secuenciales. Estos Notebooks admiten varios lenguajes, como Python, que sirven para hacer una gran variedad de an\u00e1lisis y son muy \u00fatiles para la interpretaci\u00f3n visual de datos y la preparaci\u00f3n de documentaci\u00f3n. Puede que, con el tiempo, sus an\u00e1lisis requieran una potencia de computaci\u00f3n o un tiempo de ejecuci\u00f3n que superan los l\u00edmites de lo que puede hacer una laptop. Para estos casos, puede recurrir a los flujos de trabajo de Terra. Dichos flujos de trabajo usan el lenguaje WDL (pronunciado \u00abwidel\u00bb) y se env\u00edan igual que los trabajos por lotes en cualquier servidor en la nube. Son ideales para an\u00e1lisis que requieren una alta computaci\u00f3n, como los an\u00e1lisis de alineaci\u00f3n o GWAS con un gran n\u00famero de muestras.<\/p>\n

Ejemplo de estructura de Jupyter Notebook<\/h3>\n

\"\"<\/p>\n

Ejemplo de estructura de WDL<\/h3>\n

\"\" Al obtener acceso a los datos del GP2, tambi\u00e9n se obtiene acceso a los espacios de trabajo oficiales de GP2 Terra. Tanto el espacio de trabajo de nivel 1 como el de nivel 2 incluyen un archivo README correspondiente a la publicaci\u00f3n de datos m\u00e1s reciente del GP2. Le recomendamos encarecidamente que lea este documento, que proporciona informaci\u00f3n sobre todos los archivos que conforman cada publicaci\u00f3n de datos. Le invitamos a consultar estos espacios de trabajo con frecuencia, ya que iremos publicando m\u00e1s fragmentos de c\u00f3digo, Notebooks y flujos de trabajo relativos a los datos del GP2 a medida que dispongamos de ellos. \"\" Para empezar, tendr\u00e1 que presentar una idea de proyecto al GP2 para su revisi\u00f3n. Una vez aprobado, su instituci\u00f3n deber\u00e1 crear un proyecto de facturaci\u00f3n y un espacio de trabajo, o el GP2 lo puede crear en su nombre. Una vez configurado el espacio de trabajo, puede empezar creando un Notebook nuevo para llevar a cabo un an\u00e1lisis. Para ejecutar un Notebook, tendr\u00e1 que crear un entorno en la nube. Puede personalizar su entorno en la nube para que se adapte a sus necesidades, pero, si tiene previsto usar todos los datos del GP2 sobre enfermedades complejas actualmente disponibles, aseg\u00farese de solicitar al menos 100\u00a0GB de memoria de disco persistente para tener espacio suficiente para ejecutar los 82\u00a0GB de datos que contiene la versi\u00f3n 2.0. Puede jugar con las distintas opciones para encontrar la configuraci\u00f3n perfecta, pero es importante tener en cuenta que a mayor n\u00famero de recursos, mayor ser\u00e1 el costo.<\/p>\n

Ejemplo de entorno en la nube<\/h3>\n

\"\" Una vez que tenga su entorno en la nube listo y haya configurado su Notebook, ya podr\u00e1 proceder a ejecutar el an\u00e1lisis. Para configurar un Notebook, puede aprovechar los paquetes y variables que le proporcionamos a continuaci\u00f3n (tambi\u00e9n los encontrar\u00e1 en los espacios de trabajo oficiales del GP2).<\/p>\n

Paquetes \u00fatiles<\/h3>\n

\"\"<\/h3>\n

Configuraci\u00f3n del entorno\"\"<\/h3>\n

Para ver los datos disponibles y trasladar los datos de la nube a su espacio de trabajo, puede usar el conjunto de herramientas gsutil. Por ejemplo, para enumerar los datos disponibles en el dep\u00f3sito gp2tier2 puede usar un comando como este \"\" Este comando enumerar\u00e1 todos los archivos disponibles en la carpeta de la versi\u00f3n 2 \"\" Puede cambiar las rutas para buscar en cada directorio. Por ejemplo, si establece la ruta como \"\", se enumerar\u00e1n las carpetas con los datos de genotipos imputados divididas por ascendencia predicha \"\" Una vez que haya decidido qu\u00e9 archivos necesita, puede copiarlos en su espacio de trabajo de la siguiente manera: Primero, cree un directorio donde copiar\u00e1 los archivos. \"\" Luego, copie los archivos en su nuevo directorio. En este ejemplo, copiamos el resumen estad\u00edstico de la EP de Nalls et al. 2019 sin datos de 23andMe. \"\" Compruebe que todos los archivos se hayan copiado correctamente. Para ello, eche un vistazo a los archivos: \"\"\"\" Ahora, \u00a1sus datos est\u00e1n listos para empezar el an\u00e1lisis!<\/p>\n

\n

En este art\u00edculo, repasamos brevemente un ejemplo sobre c\u00f3mo usar los espacios de trabajo y los Notebooks con los datos del GP2. Si desea consultar un tutorial de Terra m\u00e1s detallado, dir\u00edjase al Learning Management System<\/strong><\/a> del GP2 y complete el siguiente curso: \u00abCourse 1: Using Terra to Access Data and Perform Analyses\u00bb (Usar Terra para acceder a datos y realizar an\u00e1lisis).<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Terra es una plataforma que permite hacer an\u00e1lisis directamente en la nube, sin necesidad de descargar los datos de GP2 en la computadora. Este art\u00edculo es una introducci\u00f3n al an\u00e1lisis de datos del GP2 con esta plataforma, mediante espacios de trabajo y Notebooks.<\/p>\n","protected":false},"author":0,"featured_media":50008499,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":"","_links_to":"","_links_to_target":""},"class_list":["post-50011941","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","post-type-colaboracion-en-la-investigacion","post-type-enfermedad-de-parkinson-de-etiologia-compleja","post-type-operaciones-de-investigacion","topic-research-collaboration-4"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50011941","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=50011941"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/gp2.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50011941\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/50008499"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=50011941"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}