{"id":50011914,"date":"2022-01-10T07:57:06","date_gmt":"2022-01-10T12:57:06","guid":{"rendered":"https:\/\/gp2stg.wpenginepowered.com\/die-komponenten-der-ersten-datenfreigabe-von-gp2\/"},"modified":"2024-11-13T22:34:26","modified_gmt":"2024-11-14T03:34:26","slug":"die-komponenten-der-ersten-datenfreigabe-von-gp2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/gp2.org\/de\/die-komponenten-der-ersten-datenfreigabe-von-gp2\/","title":{"rendered":"Die Komponenten der ersten Datenfreigabe von GP2"},"content":{"rendered":"<p><span style=\"font-weight: 400;\">Im Dezember 2021 k\u00fcndigte GP2 die erste Freigabe von GP2-Daten auf der <\/span><a href=\"https:\/\/amp-pd.org\/register-for-amp-pd\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><strong>AMP\u00ae<\/strong><span style=\"font-weight: 400;\"><strong>-PD-Plattform<\/strong><\/span><\/a><span style=\"font-weight: 400;\"> an. Die verf\u00fcgbaren Daten stammen von 4.908\u00a0Teilnehmer*innen (3.434\u00a0Parkinson, 1.474\u00a0kein Parkinson) aus den Kohorten CORIELL, Baylor College of Medicine (BCM) und BCM-University of Maryland (UMD). Die genetisch determinierte Abstammung von GP2-Teilnehmer*innen wird in acht\u00a0Abstammungsgruppen gegliedert; die Tabelle unten gibt Aufschluss \u00fcber die genetisch determinierte Abstammung der Teilnehmer*innen in der Freigabe \u201eGP2\u00a0Release\u00a01\u201c.<\/span><\/p>\n<p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"wp-image-21432 aligncenter\" src=\"https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2021\/12\/ancestry-table-1024x641.jpg\" alt=\"\" width=\"600\" height=\"376\" \/><\/p>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Durch zuk\u00fcnftige Datenfreigaben wird sich die Vielfalt der verf\u00fcgbaren Teilnehmenden weiter erh\u00f6hen. Auf unserem <\/span><a href=\"https:\/\/gp2.org\/cohort-dashboard\/\" rel=\"\"><span style=\"font-weight: 400;\"><strong>Dashboard<\/strong><\/span><\/a><span style=\"font-weight: 400;\"> k\u00f6nnen Sie sich \u00fcber den Stand unserer Fortschritte informieren.\u00a0<\/span><\/p>\n<h3>Genotypdaten<\/h3>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Alle Daten wurden mit dem Illumina NeuroBooster Array genotypisiert \u2013 einem Array, das speziell f\u00fcr Varianten neurodegenerativer Erkrankungen in verschiedenen Bev\u00f6lkerungsgruppen entwickelt wurde. Die Daten werden gem\u00e4\u00df den Standardprotokollen von Illumina verarbeitet, und die Qualit\u00e4tskontrolle f\u00fcr die Daten wird von GP2 mithilfe unserer Open-Source-QC-Pipeline durchgef\u00fchrt. Die Daten werden dann unter Verwendung von TOPMed innerhalb jeder einzelnen Abstammungsgruppe separat imputiert. Alle bekannten Duplikate werden entfernt; verwandte Proben bleiben jedoch erhalten, um die Flexibilit\u00e4t bei Gemeinschaftsanalysen zu erh\u00f6hen. <\/span><\/p>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Weitere Informationen zum Inhalt der QC-Pipeline finden Sie im ausf\u00fchrlichen Workflow auf der zugeh\u00f6rigen <strong><a href=\"https:\/\/github.com\/GP2code\/GenoTools\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">GitHub-Seite<\/a><\/strong>.<\/span><\/p>\n<h3>Klinische Daten<\/h3>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Klinische Daten wurden zu einem einheitlichen klinischen GP2-Datensatz harmonisiert. Zu den Mindestanforderungen an die klinischen Daten geh\u00f6ren demografische Angaben, die Rekrutierungskategorie und die Familienanamnese. <\/span><span style=\"font-weight: 400;\">Weitere Informationen zu den Anforderungsebenen betreffend GP2-Kerndaten finden Sie im Dokument <\/span><span style=\"font-weight: 400;\">\u201e<a href=\"https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/sites\/2\/2020\/10\/GP2_Cohort_clinical-data-core-data-set_table_October2020-1.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Clinical Data Core Data Set<\/a>\u201c (Klinischer Kerndatensatz) in der Rubrik\u00a0<\/span><span style=\"font-weight: 400;\"><strong><a title=\"Ressourcen\" href=\"\/resources\/\" rel=\"\">Ressourcen auf unserer Website<\/a><\/strong>.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Der Zugriff auf die Daten erfolgt \u00fcber die <strong><a href=\"https:\/\/app.terra.bio\/#\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Terra-Plattform<\/a><\/strong>.\u00a0<\/span><\/p>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Um herauszufinden, wie Sie auf GP2-Daten zugreifen k\u00f6nnen, lesen Sie bitte unseren Blog \u201e<\/span> <strong><a href=\"https:\/\/gp2.org\/applying-for-gp2-data-access-on-the-amp-pd-platform\/\" rel=\"\">Beantragung des GP2-Datenzugriffs auf der AMP\u00ae PD-Plattform<\/a><\/strong><span style=\"font-weight: 400;\"> \u201c. Die folgenden Datenprodukte sind auf Terra f\u00fcr unsere Freigabe \u201eGP2\u00a0Release\u00a01\u201c verf\u00fcgbar:<\/span><\/p>\n<ul>\n<li><b>Tier-1-Datenzugriff<\/b><b><br \/>\n<\/b><\/p>\n<ul>\n<li style=\"font-weight: 400;\" aria-level=\"1\"><span style=\"font-weight: 400;\">Zusammenfassende Statistiken der j\u00fcngsten GWAS zur Parkinson-Krankheit (ohne 23andMe-Proben von <strong><a href=\"https:\/\/pubmed.ncbi.nlm.nih.gov\/31701892\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Nalls et al. 2019<\/a><\/strong>).<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><b>Tier 2-Datenzugriff<\/b><b><br \/>\n<\/b><\/p>\n<ul>\n<li><span style=\"font-weight: 400;\"><em>Genotyp-Rohdaten:<\/em> samples passing quality control prior to imputationPLINK2\u00a0.pgen-Dateien f\u00fcr jede Abstammungsgruppe f\u00fcr alle Proben, die die Qualit\u00e4tskontrolle vor der Imputation bestanden haben<\/span><\/li>\n<li><em><span style=\"font-weight: 400;\">Imputierte Genotyp-Daten:<\/span><\/em> <span style=\"font-weight: 400;\">PLINK2\u00a0.pgen-Dateien, die mit dem TOPMed-Referenzpanel imputiert wurden (und die Mindest-QC-Filterung gem\u00e4\u00df Readme-Datei zur Datenfreigabe erf\u00fcllen)<\/span><\/li>\n<li><span style=\"font-weight: 400;\"><em>Metadaten:<\/em> enth\u00e4lt Informationen \u00fcber QC-Ausgaben und Vorhersage der Abstammung<\/span><\/li>\n<li><em><span style=\"font-weight: 400;\">Klinische Daten:<\/span><\/em> <span style=\"font-weight: 400;\">klinische Datenfelder und relevantes klinisches Datenw\u00f6rterbuch<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p><span style=\"font-weight: 400;\">Wir hoffen, dass dieser Datenbestand f\u00fcr die Parkinson-Forschungsgemeinschaft zu einer wertvollen Ressource wird. Wir arbeiten kontinuierlich an der Verbesserung unserer Prozesse und haben noch viele weitere spannende Dinge in Petto.<\/span><\/p>\n<p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-large wp-image-50009864 aligncenter\" src=\"https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/GP2_round1_projected_pcs-1024x621.png\" alt=\"\" width=\"1024\" height=\"621\" srcset=\"https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/GP2_round1_projected_pcs-1024x621.png 1024w, https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/GP2_round1_projected_pcs-300x182.png 300w, https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/GP2_round1_projected_pcs-768x466.png 768w, https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/GP2_round1_projected_pcs-256x155.png 256w, https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/GP2_round1_projected_pcs-512x310.png 512w, https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/GP2_round1_projected_pcs-1188x720.png 1188w, https:\/\/gp2.org\/wp-content\/uploads\/2022\/01\/GP2_round1_projected_pcs.png 1275w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><\/p>\n<p>Dieser Blogbeitrag wurde gemeinschaftlich von Hampton Leonard, Mike Nalls, Yeajin Song und Dan Vitale verfasst. Wenn Sie mehr \u00fcber die Autoren erfahren m\u00f6chten, besuchen Sie gerne die Webseite der GP2 <strong><a href=\"\/working-groups\/complex-disease-data-analysis-working-group\/\" rel=\"\">Complex Disease \u2013 Data Analysis Working Group<\/strong><\/a>.<\/p>\n<p>Schauen Sie sich unsere anderen <a href=\"https:\/\/gp2.org\/blog\/?search=components%20of%20GP2%27s%20data%20release\"><span style=\"text-decoration: underline;\"><strong>Datenver\u00f6ffentlichungen<\/strong><\/span><\/a> an.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Erfahren Sie mehr dar\u00fcber, wie Genotypdaten und klinische Daten gesammelt werden und welche verschiedenen Stufen f\u00fcr den Datenzugang verf\u00fcgbar sind.<\/p>\n","protected":false},"author":16,"featured_media":50024764,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":"","_links_to":"","_links_to_target":""},"class_list":["post-50011914","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","post-type-datenfreigabe","topic-forschungsaktivitaten-de","topic-forschungszusammenarbeit-de","topic-genetik-komplexer-krankheit-de"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50011914","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/de\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/de\/wp-json\/wp\/v2\/users\/16"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/de\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=50011914"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/gp2.org\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50011914\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/gp2.org\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media\/50024764"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/gp2.org\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=50011914"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}